Bu dönem buhranının sebepleri Rumların Kıbrıs 'ı Yunanistan'a bağlama düşüncesi ve 1960 Anayasasının Türklere tanıdığı hakları kabul etmemeleri ve Türklere karşı terör faaliyetine girişmeleridir. Türkiye 1961 de Rumları uyarma gereği görmüştür. 1960 Anayasasına göre Lefkoşe , Limasol, Magusa , Baf ve Larnaka 'da Türkler ve Rumların ayrı belediyeleri olacaktı. Ancak bu belediyelerin kuruluşu gerçekleşemeyince ve sınırlar belirlenemeyince Makarios bu şehirlerde tek belediye kurulmasına ve Türklerin nüfusları oranında temsil edilmesini ileri sürdü. Türk tarafı bu görüşü kabul etmedi. Makarios 1960 Anayasasından memnun değildi. Türkler beş şehirde belediye kuracaklarını açıkladı. Makaros bu belediyeleri tanımadığını bildirdi. Makariosun tavrı 1960 Anayasasına aykırıydı 1963' te Rumlar Türklere karşı tethiş(terör) faaliyetlerine girişti. Onlarca Türk katledildi.Makarios Anayasa değişikliği teklifini ileri sürerek cumhurbaşkanı olan kendisinin ve yardımcısı Fazıl KÜÇÜK 'ün veto hakkının kaldırılmasının, beş şehirde tek belediyeler kurulmasını ve memuriyetlerde Türklere yüzde 30 kontenjan tanıyan hükümlerin kaldırılmasını istedi. Türkiye bu istekleri reddetti. Rumlar 24 Arallık 1963 'te 40 Türk 'ü yaralayıp 24 Türk 'ü şehit ettiler. Türkleri yok etme planının uygulamaya koymuşlardı. Türk uçakları 25 Aralık 1963 'te Lefkoşe üzerinde uçuşa başladı. 650 kişilik Türk birliği karargahından çıkarak Türk kesimini korumaya aldı. Barışı sağlamak amacıyla 15 Ocak !964 te Londra da Konferans toplanmasın rağmen bir sonuç alınamadı. Rumlar " Kanlı Noel" olaylarıyla tekrar katliama girişti.

Türkiye Kıbrıs'taki Türk varlığını korumak amacıyla federal bir düzenin kurulmasını Türk toplumunun kendini yönetecek bir yapıyı oluşturmasını , Rum saldırılarına karşı etkili güvenlik tedbirlerinin alınmasını , Türkiye'nin Kıbrıs a daha sağlam bir şekilde ayak basmasını düşünmekteydi.

Rumların tezi ise tam bağımsızlık yoluyla Türkiye' nin adaya müdahale hakkını ortadan kaldırmak ve Türk nüfusunu kendi içinde eritme politikası izleyerek Enosis e ulaşmak amacındaydı.

İngiltere ise Kıbrıs meselesinden kendini uzak tutarak Rum yanlışlarına karşı çıkmamış ve Amerika'yı olayın içine çekmeye çalışmıştır. Amerika ise Yunanistan ve Rumların hatalarını dile getirmemiştir. Rum saldırılarının sürmesi üzerine 15 Şubat 1964 'te Türkiye Kıbrıs a müdahaleden bahsetmiş bunun üzerine BM Güvenlik konseyi 4 Mart 1964 te sekiz maddelik bir karar almıştır. " Taraflardan barışı bozacak hareketlerden kaçınmaları istenmiş, barış gücü kurulmasına karar verilmiş ve barışı sağlamak için arabulucu tayin edilmiştir. Rum saldırılarını tekrara başlaması üzerine Türk hükümeti TBMM den Kıbrıs a müdahale yetkisi alınca BM Barış Gücü Adaya sevk edilmiştir.

Makarios 4 Nisan 1964 'te Londra ve Zürih Anlaşmalarının ayrılmaz bir parçası olan ittifak antlaşmasını fesh ettiğini açıkladı.Amacı Türkiye'nin Kıbrısla bütün bağlarını koparmaktı. Yunanistan başbakanı Yorgo Papendreou, Makarios un Pan-Hellenizm (Büyük Yunanistan'ı kurma ülküsü) çalışmalarını desteklediğini açıkladı. Makarios Sovyet Rusya ile ilişkilerini geliştirip ağır silahlar satın almış ve mecburi askerliği yürürlüğe koymuştur. Bunun üzerine durum gerginleşmiş Türkiye 7 Haziran 1964 'te Kıbrıs a müdahaleye karar vermişti ki 5 Haziran da " Johnson Mektubu" olayı patlak verdi. Amaç müdahaleye engel olmaktı.