1884 yılında Trabzon-Vakfıkebir'de doğdu. Bahriye Mektebini bitirdi. Donanma-ı Muavenet-i Milli Cemiyeti'nin satın almak istediği gemilerle ilgili olarak İngiltere'ye gitti. Son Osmanlı Meclisi'ne Trabzon Milletvekili olarak katıldı. Bu meclisin, 16 Mart 1920'de İngilizler tarafından kapatılması üzerine, Ankara'ya gitti ve Türk Kurtuluş Savaşı'na katıldı. TBMM Trabzon Milletvekili olarak da görev aldı.

Düşünceleri bakımından tutucu olması nedeniyle Mustafa Kemal ve kadrosunun aleyhinde bir tutum izlemeye başladı. Mustafa Kemal'i korumakla kendisini yükümlü sayan Topal Osman Ağa ile çatıştı. Bu çatışma sonunda öldürüldü. Ali Şükrü'nün öldürülmesi olayı, TBMM ve kamuoyunda yankılara yol açtı.