Batı Asya’da, Batı Türkeli’nin en büyük akarsuyu. Tacikistan’da Hindikuş Dağlarından doğar. Vahş ve Pyanc ırmaklarının birleşmesiyle meydana gelir. Dağlık alandan aldığı kollarla büyüyerek bölgeyi terk ettikten sonra kuzeybatıya yönelir. Tacikistan Cumhuriyeti ile Afganistan arasındaki sınırın bir bölümünü çizer. Aral gölüne dökülünceye kadar olan uzunluğu 2500 kilometredir. Aral gölüne dökülmeden önce 11.000 kilometrekarelik deltasında kollara ayrılır. Sulama için faydalanıldığından deltaya geldiğinde suyu çok azalır ve ancak sularının beşte biri ulaşabilir. Önceleri bataklık olan delta, kurutularak verimli topraklarından istifade edilmektedir.

Nehrin iki kıyısı birbirinden çok farklıdır. Nehir devamlı sağa yüklendiği için kıyıyı altından oyup üst katların çökmesine sebeb olmuştur. Burada, alınan bütün tedbirlere rağmen yerleşim mümkün olmamıştır. Sol taraf ise kıyı boyu çok alçaktır. Bir şerit halinde bulunan bu kıyı yerleşmeye müsaid olup, nüfus fazladır.

Nehrin su seviyesinde, kasım ve mart ayları arasında büyük fark görülmez. Yüksek dağlardaki karların erimesi ile temmuz ayında su seviyesi çok artar. Bu ayda nehrin geçirdiği su saniyede 5000 metreküpe ulaşır. Suyun bu şekilde fazlaca artması, kurak ve yağışsız bir zamana rastladığından, nehir boyunca ekim için istifadeye sebeb olur.

Ceyhun Havzası; kuzeyden Seyhun Havzası, doğuda Tarım Havzası, güneyde ise İndus ve Hilmand havzaları ile çevrilidir. 465.500 kilometrekareyi bulan yüzölçümünün 290.000 kilometrekaresi dağ sıralarından meydana gelir. Havzanın dağlık kesimleri ardıç ve kavak, aşağı kesimleri ise söğüt, cehri ve iğde ağaçları ile örtülmüştür. Orta kesimlerinde de söğüt ve kavak türlerinden meydana gelmiş tugay ismi verilen sık sazlıklarla kaplı ormanlar mevcuttur. Irmakta mersinbalığı türleri ile bol mikdarda sazan ve alabalık bulunur.

Nehir havzasındaki taşkınlıkları önlemek için ırmak üzerine karmaşık bir baraj ağı kurulmuştur.