Ege bölgesinde, Büyük Menderes Nehrinin denize döküldüğü yere yakın bir göl. Üç tarafı dağlık, yalnız batı tarafı ova olan Bafa Gölünün yüzölçümü 65 km2, çevresi 50 kilometredir. Uzunluğu 16, genişliği 6 km, denizden yüksekliği ise 10 metredir. Üç tarafındaki dağlardan ve bilhassa Beşparmak Dağından inen sularla beslenir. Göle fazla gelen sular yığıntı halindeki seddin güney ucundan Büyük Menderes'e dökülür.

Bafa Gölünün bulunduğu yer, eskiden denizin Söke'ye kadar uzanan bir koyuydu. Bu koy bir çöküntü alanıdır. Büyük Menderes çok uzun zamandan beri eski körfezi yavaş yavaş doldurmuş, ırmağın ağzı şimdiki yerine doğru ilerlemiş, eskiden koy olan Bafa önüne bir alüvyon seddi gelerek göl haline gelmiştir.Miladi başlangıç yıllarında yaşamış olan Strabon, eserlerinde Bafa'dan körfez olarak bahsetmektedir. Bu durumda gölün yaşı 2000 yıldan daha küçüktür. Gölün suları biraz tuzludur. Denizden ayrıldığından beri suyu tam tatlılaşmamıştır. Gölün çevresi tamamen ormanlık ve fundalıktır.