Bağışıklık sistemi vücutta, hücresel ve sıvısal olmak üzere iki çeşit bağışıklık oluşturur.

Hücresel Bağışıklık: Bakteri, virüs ve mantarların yaptığı enfeksiyonlara ve antijenlere karşı özel hücreler oluşturulması şeklinde bağışıklıktır. Bu hücreler, lenfosit adı verilen beyaz kan hücreleridir. Hücresel bağışıklığı sağlayan lenfositlere T lenfosit adı verilir. T lenfositler, yabancı dokuları da yok eder. Organ naklinin zorluğu, yabancı dokuları yok etmeye çalışan T lenfositlerden kaynaklanır.

Vücutta oluşan antijene, onu taşıyan bir lenfosit bağlanarak antijenleri etkisiz hale getirir. Bazen de makrofaj denilen hücreleri uyararak harekete geçirir.

Antijenin vücuda girişinden, kanda antikorun görülmesine kadar yaklaşık bir haftalık durgun bir evre geçer. İlk antikor tepkisi yavaş yavaş düşük bir noktaya kadar artar, daha sonra ise düşer. Buna birincil tepki denir. Antijenin ikinci defa bu bireye girişinde, daha kısa bir durgunluk evresinden sonra, hızlı bir antikor üretimi başlar. Buna da ikincil tepki adı verilir. Antikorun ikincil tepkisi oldukça yüksek bir seviyeye kadar artar, daha sonra yavaş yavaş azalır. Yeniden zaman zaman antijen verilmekle antikor düzeyi yüksek tutulabilir. İkincil tepki, sürekli doğal enfeksiyonların etkisi altında kalan ve daha önce antijen almış bireylerde ortaya çıkar.

Sıvısal (hümoral) Bağışıklık: Enfeksiyonlara karşı üretilip kanla vücuda dağıtılan antikorlarla sağlanır. Antikorlar, sentezlenmelerine neden olan antijenin, fagositoz yapan hücreler tarafından sindirilmesini kolaylaştırır. Bir yandan da antijenlere bağlanarak onları etkisiz duruma getirir. Antikorlar molekül olarak "Y" harfine benzer ve antikorun iki tane antijen bağlanma bölgesi vardır. Kuyruk kısmı da antikorun çeşidini belirler. Antikorlar, B lenfosit denilen akyuvar tarafından üretilir. Virütik enfeksiyonlara karşı üretilen antikorlara özel olarak interferon denir. Lenfositler; kan, lenf sıvısı, lenf düğümleri, timüs bezi ve dalak gibi doku ve organlarda bol bulunur.

Bağışıklık sistemini oluşturan hücreler, kemik iliğinin kök hücre adı verilen hücrelerinden oluşur. Kemik iliği kök hücrelerinin etkili hücreler durumuna gelebilmesi için bazı organlarda farklılaşması ve gelişmesi gerekir. Gelişmesi tamamlanmış olan lenfositler vücuda dağılır. Daha sonra antijenlerle karşılaşan bu hücreler, her antijen çeşidine karşı etkin hücreler olarak bağışıklık tepkilerini oluşturur. Bazı lenfositleri oluşturacak öncü hücrelerin bir kısmı, timüs denen beze girerek olgun lenfositlere (T lenfosit) dönüşür, bir kısmı da kan yapıcı dokulardaki kök hücrelerinden farklılaşıp olgunlaşır (B lenfosit).

Akyuvarların, vücuda giren antijen özelliğindeki yabancı maddeleri fagosite ederek yok eden nötrofil, monosit gibi çeşitlerine fagosit denir.

Vücuttaki antijen miktarı az olduğunda, iltihaplanma gibi bir durum olmadan antijenler ortadan kaldırılır. Antijen miktarı, mevcut fagositlerin başa çıkamayacağı kadar fazla ise fagositler bunları aşırı miktarda yer. Bir süre sonra da yedikleri aşırı miktardaki antijeni sindiremediklerinden fagositler parçalanır. Parçalanan fagositlerden irin (cerahat) oluşur. Bu durumda lenfositler harekete geçerek antijenleri ve hücre artıklarını yok eder.