Hastalıklarda korunma konusunda, XV. yüzyılda Çinlilerin çiçek hastalığına karşı koruma sağlamak için, hastalardaki çiçek yaralarının kurutulup toz haline getirilmiş kabuklarını burunlarına çektikleri bilinmektedir. Ancak, çiçek hastalığı döküntülerinin bu biçimde kullanılması, bazen koruyuculuk bir yana, hastalığa tutulmaya neden olabilir. Bağışıklık tedavisi, yani bağışıklık tepkilerinden yararlanılarak tedavi yöntemi, Edward Jenner'in ve Louis Pasteur'ün aşılama çalışmalarından sonra ortaya çıkmıştır. Edward Jenner, inek çiçeği hastalığına yakalananların çok ender olarak insan çiçeğine tutulduklarını gözlemlemiş ve 1796'da küçük bir erkek çocuğuna önce ılımlı dozda inek çiçeği mikrobu, daha sonra da insan çiçeği mikrobu vermiş, inek çiçeği virüsleriyle uyarılan bağışıklık sisteminin, insan çiçeğine karşı da bedeni savunduğunu belirlemiştir. Louis Pasteur de 1879'da, uzun süre bekletilmiş tavuk kolerası kültürünün tavuklarda hastalık yapma gücünü önemli ölçüde yitirdiğini, bekletilmiş kültürle aşılanan tavukların, taze bakteri kültürüyle de hastalanmadıklarını bulmuştur. Zayıflatılmış ya da ölü bakterilerden, o mikropların yol açtığı hastalığa karşı direnç kazandırması amacıyla hazırlana ürüne aşı, bunun bedene verilmesine ise aşılama denir. Aşılama kolera, difteri, kızamık, kabakulak, boğmaca, kuduz, tetanos, tifo, sarıhumma ve çocuk felci gibi hastalıklara karşı uygulanır.

Jenner ve Pasteur'ün bu öncü çalışmalarından sonra, Paul Ehrlich, beden sıvılarıyla ilgili bağışıklık kavramını öne sürmüş (kuram, bağışıklığı sağlayan ana etkenlerin, hücrelerin üreterek kana salgıladıkları kimyasal maddeler, yani antikorlar oldukları düşüncesine dayanıyordu), Elie Metchnicoff da hücresel bağışıklık kuramını geliştirmiştir (bu kurama göre, bedenin artık ürünlerini temizlemekle görevli akyuvarlar olan fagositler, yabancı maddeleri arayıp bulurlar ve hastalık etkeni organizmaya karşı bedeni koruyan temel savunma sistemini oluştururlar). Günümüzde her iki kuram da doğrulanmıştır.