Vücudun enfeksiyonlara karşı savunma ve korunmasını sağlayan sistemin herhangi bir yerinde oluşan bozukluk, Bağışıklığın bozulmasına neden olur. Bunlara bağışıklık yetmezliği hastalığı denir. Bağışıklık sistemi bozukluklarının başlıca belirtileri şunlardır:

- Kronik enfeksiyonlar

- Beklenmeden sık tekrarlanan enfeksiyonlar

- Tedaviye tam cevap vermeyen enfeksiyonlar

- Deri döküntüleri

- Gelişme geriliği

- Tekrarlayan apseler (yaralar)

Bağışıklık yetmezliği hastalıkları, genel olarak iki öbekte toplanır: Doğuştan bağışıklık yetmezliği hastalıkları; sonradan edinilen bağışıklık yetmezliği hastalıkları. Sonradan edinilen bağışıklık yetmezliği hastalıkları daha sık görülür.

Doğuştan bağışıklık yetmezliği hastalıkları: Birleşik ve şiddetli bağışıklık yetmezliği, ender görülen bir anormalliktir. Kemik iliği aktarımının gelişmesinden önce mutlaka ölümle sonuçlanan bu hastalıkta, bağışıklık sisteminin hem T hücreleri, hem de B hücreleri görevlerini yapamazlar. Bir başka bağışıklık yetmezliği olan DiGeorge sendromu, timüsün gelişmesindeki yetmezlikten, buna bağlı olarak da bağışıklık sisteminin T hücrelerinin gelişmemeleri ve yeterli düzeyde çalışmamalarından kaynaklanır. DiGeorge sendromu bulunan hastalar, virüs ve mantar enfeksiyonlarına duyarlıdırlar.

Sonradan edinilen bağışıklık yetmezliği hastalıkları: Sonradan edinilen bağışıklık yetmezliği hastalıkları, birincil (bağışıklık sistemi zayıflığından kaynaklanır) ya da ikincil ( yani kanser gibi bir hastalıktan sonra) olabilirler.En sık rastlanan birincil bağışıklık yetmezliği hastalığı İgA denilen immunoglobulindeki seçicilik yetmezliğidir; her 500 kişiden birinde görülür ve çoğunlukla akciğer enfeksiyonuyla birliktedir. Bazı başka immunoglobulinler (özellikle İgA ve İgM) de, bazı kişilerde hiç bulunmayabilir ya da çok düşük düzeyde bulunabilir; bu durum tekrarlayan enfeksiyonlar nedeniyle ciddi klinik sorunlara yol açabilir.

Hastanede yatarak tedavi görenlerin %5'inde, ikincil sonradan edinilen bağışıklık yetmezliği bulunduğu sanılmaktadır. Bu durum genellikle, asıl nedeni oluşturan kanser ya da özbağışıklık (bağışıklık bozukluğu) hastalıklarıyla ilişkilidir. Ayrıca bir çok hastada bağışıklık sistemi zayıftır. 1980 yılının başlarında ortaya çıkan, sonradan edinilen ikincil bir bağışıklık yetmezliği olan AIDS (acquired immunity deficiency syndrome) günümüzde son derece önemli bir soruna dönüşmüştür.

Tedavi: Bağışıklık yetmezliği hastalıklarını tedavi olanakları, bu hastalıkları teşhis olanaklarının gerisinde kalmıştır. Birkaç bağışıklık yetmezliği ile doğuştan T hücresi yetmezliği, kemik iliği aktarımıyla ya da bazı durumlarda dölüt karaciğeri ve timüsü aktarımıyla tedavi edilebilmektedir. Antikor yetmezlikleri, özellikle İgG yetmezliği, hastaya belirli aralıklarla insan gammaglobülini verilerek tedavi edilebilir. Bu yöntem, hastalığın nedeni olan hücresel noksanlığı gidermekte etkili olmaz; ama eksik hücre ürününü (antikoru) yerine koymaya yarar ve böylece tekrarlanan enfeksiyonları önler. Tedavide, enfeksiyon etkeni mikroorganizmanın tanınması ve mikroorganizmaya karşı etkili olabilecek antibiyotiklerin hızla uygulanması son derece önemlidir.

Besinlerde protein eksikliği, dalağın alınması, diyabet, geniş yanıklar, alkol kullanmaktan kaynaklanan siroz ve ileri yaşlılık durumları da bağışıklık sisteminde bozukluklara neden olabilir. Örmeğin; geri kalmış ülkelerin çoğunda, protein eksikliğinden kaynaklanan bağışıklık sistemi bozukluklarına dayalı ölüm oranları oldukça yüksektir.

İnsanda, bağışıklık sisteminin sağlığını korumak için şüpheli durumlarda öncelikle kromozom incelemesi yapılmaktadır.

AIDS vb. bağışıklık yetmezliğine neden olan hastalıklardan korunmada en önemli faktör tek eşliliktir. Ayrıca bu hastalıklardan korunmak için; eş cinsel ilişkide bulunulmamalıdır; kan nakli, diş tedavisi gibi durumlarda kullanılan araç - gereçlerin steril olmasına dikkat edilmelidir; kuşkulu durumlarda zaman kaybetmeden hekime gidilmelidir.