Bağışıklık sisteminin organları lenfoid dokulu organlardır. Bu organlar dalak, lenf düğümleri, bademcik, kırmızı kemik iliği, timüs bezi, karaciğer ve bağırsaklardaki peyer plaklarıdır.

a) Dalak: Dalak, karın boşluğunun sol üst tarafında, diyaframın altında bulunan, yaklaşık 200 gram ağırlığında bir organdır. Dalağın orta yüzü üzerinde, kan damarlarının girip çıktığı göbek (hilum) bulunur. Dalağın doku yapısında; kan yapıcı özel bağ dokusu (lenfoid), lenfoblast, lenfosit, retikulum hücreleri ve ince retiküler teller bulunur. Dalağın çevresi ise lenf düğümlerinde olduğu gibi ince bir zarla çevrilmiştir. Dalağın asıl görevi; kanı süzmek, lenfosit ve monosit üretmektir. Makrofajları vasıtasıyla yaşlı ve ölü alyuvarları, kan pulcukları ve mikropları parçalar. Ayrıca kan bakımında zengin olduğu için, gerektiğinde depo ettiği kanı dolaşıma verir. Kanda bulunan antijenlere tepki olarak, vücut savunması için lenfosit üretir. Doğum öncesi karaciğerle birlikte kan da üretir. Dalak, hayatın devamı için zorunlu bir organ değildir; ameliyatla alınması durumunda, işlevleri diğer lenfoid organlar tarafından da gerçekleştirildiğinden canlı yaşamaya devam eder.

b) Lenf Düğümleri: Düğümlerin etrafı, bağ dokusundan yapılmış bir kapsülle çevrilmiştir. Bu kapsülden düğüm içine uzantılar girer; uzantıların arası, retiküler doku denilen özel bir doku çeşidi ile doludur. Bu dokuda lenfoblastlar, lenfositler ve retiküler doku telleri bulunur. Lenf düğümleri, hem kan yapıcı, hem de savunma işini gören organlardır. Düğümlerin içine giren mikroplar tutulur. Bu esnada düğümler sertleşir ve büyür; elle yoklanabilir hale gelir. Vücutta koltuk altı, kasık, çene altı, boyun, dirsek ve göğüs bölgelerinde bol bulunur.

c) Bademcikler: Bademcikler, yutak duvarına gömülmüş stratejik öneme sahip yapılardır. Lenf sıvısı, bademciklerin içerisinde bulunan lenf damarlarından boyun ve çene altı düğümlerine doğru akar. Bu esnada lenf damarlarının duvarlarından lenfositler salgılanır. Solunum ve sindirim sistemi vasıtasıyla vücuda girebilen mikroplar, buradan salgılanan lenfositler tarafından temizlenir. Aksi halde bu mikropların ciddi enfeksiyonlar oluşturma tehlikesi vardır. Herhangi bir enfeksiyon durumunda bademcikler iltihaplanırlar.

d) Kırmızı Kemik İliği: Kırmızı kemik iliği, ağsı doku hücrelerinden ve çok sık bulunan kılcal damarlardan oluşur. Kırmızı kemik iliğinde bulunan retiküler hücrelerle, karaciğerin yıldız şeklindeki kupfer hücreleri, Retikula - Endoteliyal Sistemi oluşturur. Bu sistem depo etmek, fagositoz yapmak ve antikor çıkarmak suretiyle, vücudu zararlı maddelere karşı korur. Toksik ve mekanik etkilerle uyarılan retikulum hücrelerinden histiyositler ya da makrofajlar amipsi hareketlerle uyarılan yerlere giderek burada mikroorganizmaları fagositoz ederler.

Kırmızı kemik iliğinin ana hücrelerinden lenfositler meydana getirilir.

e) Timüs Bezi: Tiroid bezinin altında, göğüs boşluğunda ve soluk borusunun önünde bulunur. Timüs bezi bağ dokusundan yapılmış ince bir kapsülle çevrilmiştir. Kapsül, diğer lenfoit organlarda olduğu gibi bezin içine girerek onu bölmelere ayırır. Timüs bezinin bölmelerinde, retiküler hücreler ve lenfositler bulunur. Kan, lenf damarları ve sinirler bağ doku bölmeleri boyunca uzanır. Timüs bezi doğumdan önce ve doğumdan hemen sonra lenfosit meydana getirerek vücudu enfeksiyonlardan korur.