Bakterilerin ve genel olarak mikropların biçimlerini, niteliklerini inceleyen bilim dalı. Bu bilim dalı, mikroskobun kullanılmasıyla birlikte başlamıştır.

On yedinci yüzyılda Hollândalı bilim adamı Antonie van Leeuwenhoek, kendi geliştirdiği bir mikroskopta suyu ve tükürüğü incelemiş; incelediği bu sıvılarda küçük hayvancıklar olduğunu görmüştür. 19. yüzyılın başlarında birkaç tür bakteri bu yolla tanımlanabildi. Bu yıllarda hastalıklara bu bakterilerin neden olduğu düşünülmekteydi.

Bu alandaki kapsamlı çalışmalar 19. yüzyılın sonlarında yapılmaya başlandı. Özellikle Pasteur'un araştırmaları, hastalıklara neden olan bakterilerin ortaya çıkarılması ve bunlara karşı aşı geliştirilmesini mümkün kıldı. Bu yıllarda bakterileri sınıflandırmaya yönelik çalışmalar yaygınlaştı ve bakteriyoloji bilimi oldukça gelişti. Bakteriyoloji bilimi bugün çeşitli dallardan oluşmaktadır. Bunların başlıcaları; toprak bakteriyolojisi, klinik bakteriyoloji, sanayi bakteriyolojisi, halk sağlığı bakteriyoloji ve sistematik bakteriyoloji.