Cumhuriyet devri tarihçilerinden. 1926 yılında Nevşehir'in Ürgüp ilçesinde doğdu. İlköğrenimini doğum yerinde, orta öğrenimini Kayseri'de gördü. Başarılı bir talebe olan BekirKütükoğlu 1944'te Kayseri Lisesi Fen Bölümünü bitirdi. İstanbul'a giderek Teknik Üniversiteye girmek üzere aday kaydını yaptırdı. Hatta ilk günkü imtihana girdi. O sırada İstanbul Yüksek Öğretmen okuluna, lisede üç yıl iftiharla geçenlerin imtihansız kabul edildiklerini örğenip Teknik Üniversiteye girmekten vaz geçti ve Yüksek Öğretmen Okuluna kaydoldu. Bir taraftan Yüksek Öğretmen Okulunda okurken, diğer taraftan Edebiyat Fakültesindeki derslere devam etti. 1948'de Yüksek Öğretmen Okulunu bitirdikten sonra Adana'nın Haruniye ilçesine bağlı Düziçi Köy Enstitüsüne tarih öğretmeni olarak tayin edildi. Bir müddet bu okulda vazife yaptıktan sonra askere gitti. Askerlikten sonra Zonguldak'a tayin edildi. 1951 yılında İstanbul'da toplanan Müsteşrikler Kongresinde vazife alan Bekir Kütükoğlu 23 Ocak 1953'te İÜ Edebiyat Fakültesinde Umumi Türk Tarihi Kürsüsü asistanı olarak vazife aldı. Prof. Zeki Velidi Togan tarafından asistanlığa alındı. 23 Ocak 1953'te İÜ Edebiyat Fakültesinde Umumi Türk Tarihi Kürsüsü asistanı olarak vazife aldı. Bu sırada Rusçayı öğrendi. Zeki Velidi Togan onun Orta AsyaTarihiyle ilgili bir tez hazırlamasını Bekir Kütükoğlu da Osmanlı arşiviyle ilgili bir tez hazırlamayı istediği için araları açıldı. Zeki Velidi Togan'ın kürsüsünden ayrıldı.

Prof. Cavit Baysan tarafınan kendisinin müdürü bulunduğu Türkiyat Enstitüsü'ne müdür muavini olarak getirildi. 31 Mart 1954'te bu vazifeye başlayan Bekir Kütükoğlu, Cavit Baysun'un başkanı olduuğu Yeniçağ Tarihi Kürsüsündeki Dr. Münir Aktepe'den boşalan kadroya asistan olarak vazifelendirildi.

Bundan sonra hızlı ve yoğun bir çalışma yapan BekirKütükoğlu hazırladığı "Osmanlı-Safevi Münasebetleri"(1578-1590) konulu teziyle Mart 1957'de doktor ünvanını aldı. Arkasından da aynı konunun 1590-1612 seneleri arasını ihtiva eden doçentlik çalışmasına başladı. Bu aradaYeniçağ Tarihi Kürsüsündeki faaliyetlere de aktıldı. Bu kürsü mensuplarının müşterek çalışmalarıyla gerçekleştirilen Ali'nin Mevaidü'n-Nefais fi Kavaidi'l-Mecalis adlı eserinin baskıya hazırlanmasında önemli vazife aldı. 1959'da Vak'anüvis Vasıf Efendinin kaynaklarından olan Çeşmizade Mustafa Efendinin Tarihinin edition critique adlı eserini yayımladı. Doçentilk tezi çalışmaları sürerken Fransız kütüphane ve arşivlerinde araştırma yapmak üzere Haziran 1961'de Parise gitti. Pariste kaldığı bir sene içinde ve kısa bir müddet için gittiği Londra'da şark yazmalarıyla ilgili hayli malzeme topladı.

1962'de Osmanlı-İran Siyasi Münasebetleri adlı eserini bastırdı. Kasım 1965'te doçent olan Bekir Kütükoğlu 1967 martından itibaren Edebiyat Fakültesinde öğretim üyeliği yanında Yüksek İslam Enstitüsünde iki yıl müddetle müdürlük yaptı. 1970'de bir yıl süreyle Londra'da British Library ve Devlet arşivi ile Paris bibliothéque Nationale ve Viyana National-bibliothek'de incelemelerde bulunduktan sonra 1971 başında yurda döndü. Ord. Prof. Ömer Lütfi Barkan'ın ayrılmasıyla boşalan Fen Fakültesiİnkılab Tarihi derslerini de yürüttü.

1974 mayısında Katib Çelebi Fezlekesinin Kaynakları adlı takdim tezini sunarak profesör oldu. 1976'dan itibaren birkaç yıl Edebiyat Fakültesi İnkılab Tarihi derslerini okuttu. 5 Ekim 1983'te Yeniçağ Tarihi Anabilim Dalı başkanlığı, 1 Temmuz 1983'de Edebiyat Fakültesi İslam Araştırma Merkezi müdürlüğü, 25 ocak 1990'da ise Tarih Bölümü başkanlığına getirilen Bekir Kütükoğlu 28 Haziran 1990'da İstanbulda öldü.

Yurt içi ve yurt dışındaki çeşitli kongre, sempozyum, seminer ve kongrelere katılarak tebliğler sunan Bekir Kütükoğlu Türk Tarih Kurumu ve Türk KültürünüAraştırmaEnstitüsü asil üyeliklerinde bulundu. Milli EğitimBakanlığınca yayınlanan İslam Ansiklopedisi'nde murahhas aza ve murahhas müdür olarak vazife yaptı. Tercüman Gazetesince yayınlanan 1001 Temel Eser serisinin kontrolünde vazife aldı.

Osmanlı kültürüne ve kaynaklarına vukufiyeti, tetkiklerinde titizliğiyle ve tevazusu ile tanınanBekir Kütükoğlu'nun; Çeşmizade Tarihi, Osmanlı-İran Siyasi Münasebetleri, Katip Çelebi Fezlekesinin Kaynakları adlı basılı eserlerinden başka çeşitli ansiklopedi ve dergilerde yayınlanan makaleleri ve tebliğleri de vardır. İslam Ansiklopedisi'ne yazdığı Vekayinüvis maddesi bunun örneklerindendir.