1879 yılında Bandırma'da doğdu. 1902'de Erkân-ı Harbiye Mektebi'ni bitirerek kurmay yüzbaşı oldu. Balkan Savaşları ve I. Dünya Savaşı'na katıldı.

Mondros Mütarekesi'nden sonra 56. Tümen komutanlığına atandı. Kısa bir süre 17. Kolordu komutan vekilliği görevi yaptı. Batı Anadolu'da ulusal direnişin örgütlenmesinde önemli rol oynadı.

Kula'da 27 Haziran 1919'da 56. tümen komutanı olarak Bursa'ya gitti. 3 Ekim 1919'da Kürt Mustafa Paşa'yı Bursa vali vekilliği görevinden uzaklaştırdı.

11 Nisan 1920'de Mustafa Kemal tarafından askerî ve mülkî yöneticileri görevden alma, tutuklama ve idam cezası uygulama da dahil olağanüstü yetkilerle donatıldı.

Bursa yöresinde Yunan birliklerine karşı direndiyse de 8 Temmuz 1920'de kentten ayrılmak zorunda kaldı. Mustafa Kemal'in kenti boşaltma emrini bir hükümet kararı olarak kendisine verdiğini söylese de Bursa'yı Yunanlara teslim etmekle suçlandı ve 14 Temmuz 1920'de görevinden alındı.

31 Temmuz 1920'de Bekir Sami Bey, Bursa Valisi Hacim Muhittin Bey ve Aşir Bey hakkında gensoru önergesi verildi. Bu gelişmeler yüzünden konumu sarsılan Bekir Sami Bey, Kasım 1920'de Antalya ve Muğla yöresi komutanlığına daha sonra kendi isteğiyle Kuzey Kafkasya askeri temsilciliğine atandı. Temmuz 1922'de açığa alındıktan sonra hiçbir görev üstlenmedi.

Kurtuluş Savaşı anılarını kitaplaştırdı ve 9 Eylül 1934'te İstanbul'da vefat etti.