Özbek ailesinden Abu'l-Hayr Han (1428-1468) zamanında Özbekler birbirleriyle daha da kenetlenmişlerdir. Timurluların son devirlerinde Özbekler saldırılarını artırmışlardır ve daha da güneye inmişlerdir. Ancak Saferi Devletinin kuruluşundan sonraki on yıl içinde, Akkoyunlu Devleti de ortadan kalkmış, Horasan'daki Özbek hakimiyeti de elden çıkmıştı. Muhammed Şeybani Han (1500-1510) zamanında Maveraünehir'in tamamını ellerine geçirmiş olmalarına rağmen, Şeybani Han'ın ölümünnden sonra Özbeklerde bir kargaşa baş göstermiştir. 1512de Hive elden çıkmış, 1740 a kadar iç çekişmeler devam etmiş, 1740 ta İran hükümdarı nadir Şah ,(1736-1747) Ebu'l-Feyz Han (1717-1748) ‘ın idaresindeki Buhara'yı ele geçirmiş ve 1748 de Ebu'l-Feyz ‘in öldürülmesinden sonra Özbek Hanedanlığı sona ermiştir. 1753 tarihinde Buhara'nın başına Muhammed Rahim'in geçmesiyle, Mangıt Hanedanlığı dönemi başlamış ve bu 1920 ye kadar devam etmiştir.

Özbeklerde devlet teşkilatı eski Türk geleneklerinin aynıdır. Devlet meclisindeki protokol Oğuz Kağan ve Dede Korkut'taki gibidir. Özbekler içerisinde Kazak ve Kırgız boylarını görmek mümkündür. Yani birbirine karışmışlık söz konusudur. Tarihçi Prof.Dr.Z.V.Togan Cengiz ve oğulları zamanında Türk ve Moğol unsurlarının kaynaşmasının ne kadar muayen olduğunu vurgulamak için, bugün mevcut Nogay ,Özbek,Kazak,Başkurt gibi büyük camiaların hepsinde müştereken mevcut kabile ve oymakları tespit etmek kafi gelir, demektedir. Bugün Özbekistan olarak bilinen cumhuriyet içerisinde Kongrat , Nayman, Kineges, Mangıt,Toyaklı,Saray ,barın,Üç Urug,Bugrut,Arlat,Kanglı,Kırk,Bataş,Kara Kalpak gibi boylara rastalamak mümkündür.