Mangıt hanedanından olan Emir Said Haydar (1801-1826) zamanında Özbekler oldukça gelişmişlerdir. Düşmanlarıyla mücadele ettiği gibi ilme de önem vermiş olmasına rağmen , ölümünden sonra karışıklıklar ve iç çekişmeler yüzünden emirlik zayıflamıştır. 1826 da tahta çıkan Nasrullah Han (1826-1860) Rus tehlikesi hakkındaki İngiliz uyarılarını dikkate almamıştır. Yerine oğlu Muzaffereddin (1860-1885) geçmiştir.

Daha sonra Rusların Türkistan'a karşı daha ciddi olarak harekete geçtiklerini görüyoruz. Güneyde Hive Hanı Muhammed Rahim bir müddet müdafaadan sonra şehri bırakıp ve Taşkent 29 Haziran 1863 tarihinde Rus askerlerine kumanda eden General Çernayev tarafından ele geçirilir.

İlk devirlerde Buhara Emiri Taşkent'teki Rus Umumi Valisi ile değil, doğrudan doğruya Petersburg Hükümeti ile münasebette bulunuyordu. Ayrıca Türkiye'ye de hususi bir elçi gönderip siyasi bir münasebet kurmuş idi. Fakat çok geçmeden Buhara'nın Osmanlı Devleti ile temasını Ruslar menettiler. Hanlığın siyasi bağımsızlığı gibi askeri gücü de ortadan kaldırıldı.

Emir Gıyaseddin ‘in 1885 te vefatından sonra yerine geçen oğlu Abdü'l-Ahad (1885-1910) zamanında Buhara tamamıyla Rus nüfuzuna girmiş ise de, Özbekistan'da yer yer ayaklanmalara rastlanmaktaydı ki, bunlardan biri 1898 deki Fergana ayaklanmasıdır. Ondan sonra başa geçen Oğlu Mir Alim (1910-1920)'in saltanatı sonunda Buhara Devleti yeni Sovyet rejimi tarafından ortadan kaldırılmıştır.