Birbiriyle bağlantısı olmayan iki kuramsal atasal proteine(P0 ve PO') sahip olduğumuz durumları ifade eder.Ve her biri fonksiyonel veya yapısal benzerliğe sahip proteinlere gelişir.Bu proteinler farklı diziler ile başlar ve dizi bakımından farklı kalır ama benzer fonksiyonları yerine getirmek için gelişirler.Divergent veya convergent evolusyon olup olamadığı tartışılır durumlarda vardır.Bu durumlar şunu içerir:Proteinler belirgin dizi benzerliğine sahip değilse ama aynı topoloji veya katlanmaya sahip ise bu proteinler homolog kabul edilirler.Veya proteinlerin belirgin bir dizi benzerliği yok ama benzer topoloji ve farklı fonksiyon var ise bu durumda ya ortak bir ata vardır ya da oldukça stabil bir katlanma söz konusudur.