Yapısal özellikleri ve işlevleri bakımından insan etkisinden çok az etkilenmiş ya da hiç etkilenmemiş ekosistem. Doğal ekosistemler yerleşim yerlerine uzak alanlarda bulunur. Doğal hayatı korumak için birçoğu koruma altına alınmış ve milli park ilân edilmiştir. Doğal ekosistemlerde yaşayan hayvanlar ve bitkiler bu sayede güvenli bir biçimde yaşamlarını sürdürebilir. Doğal ekosistemler, kara ekosistemleri ve su ekosistemleri olarak ikiye ayrılır.