Ege Denizi, 41 Derece-35 Derece kuzey enlemleriyle 23 Derece-27 Derece/28 Derece doğu boylamları arasında yer alır. Kuzeyden güneye yaklaşık 660km uzanır; genişliği kuzeyde 270, ortada 150, güneyde ise 400km kadardır. Balkan yarımadasının doğu bölümü ile Anadolu arasında yer alan deniz. Çanakkale Boğazı aracılığıyla Marmara Denizi'ne ve Karadeniz'e bağlanan Ege Denizi'i yüzölçümü 214000km2'dir.

Ege Denizi, yakın bir geçmişte "Aegeis" ya da "Egeid" adı verilen bir kara parçasının, büyük bir bölümünün sular altında kalmasıyla oluşmuştur (adı da buradan gelir); üstündeki adaların çokluğu nedeniyle "Adalar Denizi"diye anılır. Kıyılar son derece girintitli çıkıntılıdır.

Ege'de gelgit önemsizdir ve yol açtığı düzey genişliği ancak bazı dar boğazlarda, rüzgarlarla meydana gelen yığılmaların da etkisiyle 30-40cm'yi bulur. Adalar arasındaki bazı dar ve dolambaçlı boğazlar şiddetli ve karmaşık yerel akıntılara neden olur. Bunların en ünlüsü Eğriboğaz Körfezi'nde görülür.

Ege Denizi'nde, kuzeyde Saros Körfezi'nden başlayarak güneye doğru "S" biçiminde uzanan, tabanının derinliği yer yer 1000m'yi aşan bir oluk yer alır. Ege Denizi'nde çok sayıda ada (toplam yüzölçümleri yaklaşık olarak 23000km2 olan bu adalar, her yana serpilmiş gibi görünmelerine karşın, belli bir düzen ve gruplaşma gösterirler.

Ege Denizi üstünde egemen olan Akdeniz iklimi, bu büyük su kütlesinin etkisiyle bazı değişikliklere uğrar: Ege Denizi'nin etkisi, donlu günlerin sayısını azaltır. Denizi suyu sıcaklıkları da genelde kuzeyden güneye doğru artar. Bu artış kışın daha çok belirlidir. Kıyı ve adalarda kışları yağışlı bir Akdeniz iklimi görülür.

Yazın bütün Ege Denizi ısınır. Kuzey ve güney yüzey suları arasındaki sıcaklık farkı, 1 Derece-2 Derece'ye iner. Sıcaklığın en yüksek olduğu ayda Ege Denizi'nin her yanında denzi suyu sıcaklığı 23 Derece-24 Derece arasındır.

Ege Denizi'nde yıllık yağış tutarı kuzeyden güneye gidildikçe azalır. Yağışlar genellikle kış aylarında toplanmıştır. Komşu karalarda olduğu gibi, Ege Denizi alanında da yazlar çok kuraktır. Yazın Ege Denizi'nin her yanında, kuzeyden ve kuzeydoğudan "etezyen" adı verilen şiddetli bir rüzgar eser. Ege Denizi, biyoloji ve hidroloji özellikleri bakımından Karadeniz ile Akdeniz arasında bir geçiş alanı oluşturur.

Çanakkale Boğazı'ndan üst akıntısıyla gelen ve besin tuzları, oksijen ve plankton bakımından zengin olan Karadeniz suları, kuzeydeki balık yaşamını olumlu yönde etkiler. Ege Denizi, oksijen bakımından zengin olmasına karşın, fosfat ve nitrat bakımından yoksuldur. Bu yüzden güney bölümü, dünyanın balık bakımından en yoksul denizlerindendir.

Son yıllarda Ege Denizi'nde, denzi kirlenmesi ve öteki konulardaki bilimsel araştırmalar yoğunlaşmıştır.