21 Nisan 1947’de Kerkük’te doğdu. İlk, orta ve lise tahsilini Kerkük’te tamamladıktan sonra yüksek tahsilini yapmak üzere 1970’de Türkiye’ye geldi. 1970 - 1975 yılları arasında Ankara Üniversitesi Hukuk Fakültesi’nde, 1979-1984 yılları arasında ise aynı üniversitenin İlâhîyat Fakültesi Felsefe Bölümü’nde öğrenim gördükten sonra 1984 yılında bu fakülteden mezun oldu ve aynı fakültede 6 yıl okutman ve öğretim görevlisi olarak görev yaptıktan sonra 1986 yılında Ankara Üniversitesi Dil Tarih ve Coğrafya Fakültesi Tarih Bölümü’nde doktoraya başladı. 1991 yılında Tarih Doktoru unvanını kazandı. 1991 yılında Gazi Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü’ne yardımcı doçent olarak intisap etti. 1995 yılında aynı fakültede doçent oldu. 1999 yılında Gazi Üniversitesi Atatürk Araştırma ve Uygulama Merkezi Müdürlüğü ile Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Bölüm Başkanlığı’na atandı. 2004 yılında profesörlük unvanını kazandı. Uzun yıllar Irak ve Türkiye’de Irak Türkmenleri’nin haklı davasını savundu. Bu süreçte Irak Türkleri Kültür ve Yardımlaşma Derneği başkanlığını yürüttü. 12 yıl siyasî ve kültürel içerikli Kerkük Dergisi'nin genel koordinatörlüğü ve yazı işleri müdürlüğünü yaptı. Son dönemde Irak Türkmen Meclisi Şura Üyeliği yaptı.

Bağdat’ta İlk Türkler adlı eseri Kültür Bakanlığı’nın başvurusu serisinde 1991 yılında yayımlanan Pamukçu’nun yine Kültür Bakanlığı’nca Irak Türkmen Şairi Nesrin Erbil adlı eseri yayımlandı. Başlangıçta Türk - İslâm İlişkis ile İlk Türk Âlim ve Mücahitlerinden Abdullah b. Mübarek adlı iki eseri de yayına hazır bulunmaktadır. Ayrıca Irak Türkmenleri’ne seslendiği Ey Türkmen Genci ve Ey Türkmen Kadını adlı iki eseri 2004 yılında yayımlandı. Londra, Berlin, Bakü, Üsküp, Lefkoşe, Irak ve Türkiye’de katıldığı pek çok uluslararası konferansta, ilmî ve siyasî tebliğler sundu. Pek çok ilmî ve siyasî dergide makaleleri yayımlandı. Ekrem Pamukçu, geçirdiği rahatsızlık sonucu 27 Ocak 2005 günü hayatını kaybetti.