İSKİ Genel Müdürlüğü görevindeyken ihalelerin hakedişlerinin ödenmesi için rüşvet aldığı gerekçesiyle soruşturuldu. Usulsüz klor alımı nedeniyle 1995 yılında 8 yıl 4 ay hapis cezasına çarptırıldı.

Karar Yargıtay tarafından onandıktan sonra Göknel, hapse girdi. Ankara Yarı Açık, Keçiören Yarı Açık ve son olarak da Kalecik Yarı Açık cezaevlerinde hapis yatan Göknel'i, eski eşi Nurdan Erbuğ'a, boşanma işlemleri sırasında ödediği ileri sürülen 606 bin 500 dolar ve 100 bin mark tazminat ele verdi.

Söz konusu paranın "bir devlet memurunun geliriyle örtüşmediği" belirtildi ve bu paralar soruşturmalar için hareket noktası oluşturdu.

Kendisini ihbar ettiği iddiaları yer alan Erbuğ'dan boşanır boşanmaz cezaevine girmeden kısa bir süre önce Feray Göknel'le evlenen Ergun Göknel cezaevinde bulunduğu sırada ikinci eşinden de boşandı. Göknel, 16 Ağustos 1998'de cezasını tamamlayarak tahliye oldu.

Xxxxxxxxx