Belki insanlık tarihinin ilk dönemlerinden beri uygulanmakta olan öğretim ve eğitim yöntemleri, belki dini inançların etkisi, belki de insanın doğal yapısı, insanın, yeniliklere karşı itirazcı olmasına neden olmuştur. Bu direniş, en fazla da, eksik kanıtlarla desteklenmekte olan Evrim Kuramı'na yapılmıştır ve yapılmaktadır. Özellikle dogmatik düşünce ye yatkın olanlar, bu karşı koymada en önemli tarafı oluşturur. Bununla beraber son zamanlarda, birçok aydın din bilimcisi de dahil olmak üzere, iyi eğitim görmüş toplumların büyük bir kısmı, Evrim Kuramı'na sahip çıkmaktadır.

Evrim Kuramı'na, DARWİN'den beri bilimsel karşı koymalar da olmuştur. Özellikle varyasyonların zamanla populasyonlardan kaybolacağı inancı yaygındı. Çünkü bir varyasyona sahip bir birey, aynı özellikli bireyle çiftleşmediği taktirde, bu varyasyonun o populasyondan yitirileceği düşünülmüştü. Populasyon genetiğinde, çekinik özelliklerin, yitirilmeden kalıtıldığı bulununca, itirazların geçerliliği de tümüyle kaybolmuş oldu. DARWİN, Pangeneze, yani anadan ve babadan gelen özelliklerin, bir çeşit karışmak suretiyle yavrulara geçtiğine inanarak, hataya düşmüştü. Eğer kalıtsal işleyiş böyle olsaydı, iyi özelliklerin yoğunluğu gittikçe azalacaktı ve zamanla kaybolacaktı. Halbuki, bugün, özelliklerin, sıvı gibi değil, gen denen kalıtsal birimlerle kalıtıldığı bilinmektedir.

İkinci önemli karşı koyma, bu kadar karmaşık yapıya sahip canlıların, doğal seçilimle oluşamayacağıydı. Çünkü bir canlının, hatta bir organın oluşması, çok küçük olasılıkların bir araya gelmesiyle mümkündü. Fakat canlıların oluşmasından bugüne kadar geçen uzun süre ve her bireyde muhtemelen ortaya çıkan küçük değişikliklerin, yani nokta mutasyonların, zamanla gen havuzunda birikmesi, sonuçta büyük değişikliklere neden olabileceği hesaplanınca, bu karşı koymalar da kısmen zayıflamıştır.

Üçüncü bir karşı koymaya yanıt vermek oldukça zordur. Karmaşık bir organ yarar sağlasa da, birden bire nasıl oluşabilir? Örneğin omurgalılarda, gözün birçok kısımdan meydana geldiği bilinmektedir. Yalnız başına bir kısmın, herhangi bir işlevi olamaz. Tümü bir araya geldiği zaman görme olayı sağlanabilir. 0 zaman değişik kısımların ya aynı zamanda, birden meydana geldiğini varsaymak gerekiyor - bu populasyon genetiği açısından olanaksızdır- ya da yavaş yavaş geliştiğini herhangi bir şekilde açıklamak gerekiyor. Bir parçanın gelişmesinden sonra diğerinin gelişebileceğini savunmak anlamsızdır; çünkü hepsi birlikte gelişmezse, ilk gelişen kısım, iş- (evsiz olacağı için körelir ya da artık organ olarak ortadan zamanla kalkar. Bununla beraber, bu tip organların da nokta mutasyonların birikmesiyle, ilkelden gelişmişe doğru evrimleştiğine ilişkin bazı kanıtlar vardır. Evrim Kuramı'nda dördüncü karanlık nokta, fosillerdeki eksikliktir. Örneğin, balıklardan amfibilere, amfibilerden sürüngenlere, sürüngenlerden memelilere geçişi gösteren bazı fosiller bulunmakla beraber , tüm ayrıntıyı verebilecek ya da akrabalık ilişkilerini kuşkusuz şekilde aydınlatabilecek, seri halindeki fosil dizileri ne yazık ki bazı gruplarda bulunamamıştır. Bununla beraber, zamanla bulunan yeni fosiller, Evrim Kuramı'ndaki açıklıkları kapatmaktadır.