Evrim teorisine göre bütün canlılar birbirlerinden türemişlerdir. Önceden var olan bir canlı türü, zamanla bir diğerine dönüşmüş ve bütün türler bu şekilde ortaya çıkmışlardır. Teoriye göre bu dönüşüm yüzmilyonlarca senelik uzun bir zaman dilimini kapsamış ve kademe kademe ilerlemiştir.Bu durumda, iddia edilen uzun dönüşüm süreci içinde sayısız ara türlerin oluşmuş ve yaşamış olmaları gerekir.Örneğin geçmişte, balık özelliklerini hala taşımalarına rağmen, bir yandan da bazı sürüngen özellikleri kazanmış olan yarı balık-yarı sürüngen canlılar yaşamış olmalıdır. Ya da sürüngen özelliklerini taşırken, bir yandan da bazı kuş özellikleri kazanmış sürüngen-kuşlar ortaya çıkmış olmalıdır. Bunlar, bir geçiş sürecinde oldukları için de, sakat, eksik, kusurlu canlılar olmalıdır. Evrimciler geçmişte yaşamış olduklarına inandıkları bu hayali yaratıklara "ara-geçiş formu" adını verirler.Eğer gerçekten bu tür canlılar geçmişte yaşamışlarsa bunların sayılarının ve çeşitlerinin milyonlarca hatta milyarlarca olması gerekir. Ve bu ucube canlıların kalıntılarına mutlaka fosil kayıtlarında rastlanması gerekir. Çünkü bu ara geçiş formlarının sayısının bugün bildiğimiz hayvan türlerinden bile fazla olması ve dünyanın dört bir yanının fosilleşmiş ara geçiş formu kalıntılarıyla dolu olması lazımdır. Darwin, Türlerin Kökeni'nde bunu şöyle açıklamıştır:

Eğer teorim doğruysa, türleri birbirine bağlayan sayısız ara-geçiş çeşitleri mutlaka yaşamış olmalıdır... Bunların yaşamış olduklarının kanıtları da sadece fosil kalıntıları arasında bulunabilir.

Ancak bu satırları yazan Darwin, bu ara formların fosillerinin bir türlü bulunamadığının farkındaydı. Bunun teorisi için büyük bir açmaz oluşturduğunu da görüyordu. Bu yüzden, Türlerin Kökeni kitabının "Teorinin Sorunları" (Difficulties on Theory) adlı bölümünde şöyle yazmıştı:

Eğer gerçekten türler öbür türlerden yavaş gelişmelerle türemişse, neden sayısız ara geçiş formuna rastlamıyoruz? Neden bütün doğa bir karmaşa halinde değil de, tam olarak tanımlanmış ve yerli yerinde? Sayısız ara geçiş formu olmalı, fakat niçin yeryüzünün sayılamayacak kadar çok katmanında gömülü olarak bulamıyoruz... Niçin her jeolojik yapı ve her tabaka böyle bağlantılarla dolu değil? Jeoloji iyi derecelendirilmiş bir süreç ortaya çıkarmamaktadır ve belki de bu benim teorime karşı ileri sürülecek en büyük itiraz olacaktır.

Darwin'in bu büyük açmaz karşısında öne sürdüğü tek açıklama ise, o dönemdeki fosil kayıtlarının yetersiz olduğuydu. Fosil kayıtları detaylı olarak incelendiğinde, kayıp ara formların mutlaka bulunacağını iddia etmişti. Evrimciler Darwin'in bu kehanetine inanarak, 19. yüzyılın ortasından bu yana dünyanın dört bir yanında hummalı fosil araştırmaları yaparak bu ara geçiş formlarını aradılar. Oysa, büyük bir hırsla aranan bu ara geçiş formlarına asla rastlanamadı. Yapılan kazılarda ve araştırmalarda elde edilen bütün bulgular, evrimcilerin beklediklerinin aksine, canlıların yeryüzünde birdenbire, eksiksiz ve kusursuz bir biçimde ortaya çıktıklarını gösterdi. Evrimciler, teorilerini kanıtlamaya çalışırlarken, onu kendi elleriyle çökertmişlerdi.Ünlü İngiliz paleontolog (fosil bilimci) Derek W. Ager, bir evrimci olmasına karşın bu gerçeği şöyle itiraf eder:

Sorunumuz şudur: Fosil kayıtlarını detaylı olarak incelediğimizde, türler ya da sınıflar seviyesinde olsun, sürekli olarak aynı gerçekle karşılarız; kademeli evrimle gelişen değil, aniden yeryüzünde oluşan gruplar görürüz.

Bir başka evrimci paleontolog Mark Czarnecki şu yorumu yapar:

Teoriyi (evrimi) ispatlamanın önündeki büyük bir engel, her zaman için fosil kayıtları olmuştur... Bu kayıtlar hiçbir zaman için Darwin'in varsaydığı ara formların izlerini ortaya koymamıştır. Türler aniden oluşurlar ve yine aniden yok olurlar. Ve bu beklenmedik durum, türlerin Tanrı tarafından yaratıldığını savunan yaratılışçı argümana destek sağlamıştır.

Fosil kayıtlarındaki bu boşluklar, yeterince fosil bulunamadığı ve bir gün aranan fosillerin ele geçeceği gibi bir avuntuyla da açıklanamaz. Glasgow Üniversitesi paleontoloji profesörü T. Neville George, bunun nedenini şöyle açıklamaktadır:

Fosil kayıtlarının (evrimsel) zayıflığını ortadan kaldıracak bir açıklama yapmak artık mümkün değildir. Çünkü elimizdeki fosil kayıtları son derece zengindir ve yeni keşiflerle yeni türlerin bulunması imkansız gözükmektedir... Her türlü keşfe rağmen fosil kayıtları hala (türler arası) boşluklardan oluşmaya devam etmektedir.

Canlılık Yeryüzünde Birdenbire ve Gelişmiş Formlarda Belirmiştir

Yeryüzü tabakaları ve fosil kayıtları incelendiğinde, yeryüzündeki canlı hayatının birdenbire ortaya çıktığı görülür. Kompleks canlı yaratıkların fosillerine rastlanılan en derin yeryüzü tabakası, 520-530 milyon yıl yaşında olduğu hesaplanan "Kambriyen" tabakadır. Kambriyen kayalıklarında bulunan fosiller, salyangozlar, trilobitler, süngerler, solucanlar, denizanaları, deniz yıldızları, yüzücü kabuklular, deniz zambakları gibi kompleks omurgasız türlerine aittir. İlginç olan, birbirinden çok farklı olan bu türlerin hepsinin bir anda ve hiçbir ataları olmaksızın ortaya çıkmalarıdır. Bu yüzden jeolojik literatürde bu mucizevi olay, "Kambriyen Patlaması" olarak anılır.Bu tabakadaki canlıların çoğunda, modern örneklerinden hiçbir farkı olmayan, göz, solungaç, kan dolaşımı gibi kompleks sistemler, ileri fizyolojik yapılar bulunur. Örneğin trilobitlerin çift mercekli petek göz yapısı, bir tasarım harikasıdır. Harvard, Rochester ve Chicago Üniversiteleri'nden jeoloji profesörü David Raup; "Trilobitlerin gözü, ancak günümüzün iyi eğitim görmüş ve son derece yetenekli bir optik mühendisi tarafından geliştirilebilecek bir tasarıma sahipti" demektedir. Bu kompleks omurgasızlar, kendilerinden önce yeryüzündeki yegane canlılar olan tek hücreli organizmalarla aralarında hiçbir bağlantı ya da geçiş formu bulunmadan birdenbire ve eksiksiz bir biçimde ortaya çıkmışlardır.Evrim literatürünün popüler yayınlarından Earth Sciences dergisinin editörü Richard Monestarsky, evrimcileri şaşırtan bu Kambriyen Patlaması hakkında şu bilgileri vermektedir:

Bugün görmekte olduğumuz oldukça kompleks hayvan formları aniden ortaya çıkmışlardır. Bu an, Kambriyen Devrin tam başına rastlar ki denizlerin ve yeryüzünün ilk kompleks yaratıklarla dolması bu evrimsel patlamayla başlamıştır. Günümüzde dünyanın her yanına yayılmış olan omurgasız takımları erken Kambriyen Devir'de zaten vardırlar ve yine bugün olduğu gibi birbirlerinden çok farklıdırlar.

Dünyanın nasıl olup da böyle birdenbire birbirlerinden çok farklı omurgasız türleriyle dolup taştığı, hiçbir ortak ataya sahip olmayan ayrı türlerdeki canlıların nasıl ortaya çıktığı, evrimcilerin asla cevaplayamadıkları bir sorudur. Evrimci düşüncenin dünya çapındaki en önde gelen savunucularından İngiliz biyolog Richard Dawkins, savunduğu tezleri temelinden geçersiz kılan bu gerçek hakkında şunları söylemektedir:

Kambriyen katmanları, başlıca omurgasız gruplarını bulduğumuz en eski katmanlardır. Bunlar, ilk olarak ortaya çıktıkları halleriyle, oldukça evrimleşmiş bir şekildeler. Sanki hiçbir evrim tarihine sahip olmadan, o halde, orada meydana gelmiş gibiler. Tabii ki, bu ani ortaya çıkış, yaratılışçıları oldukça memnun etmektedir.