Fransis Ferdinand, İmparator Fransis Joseph'in erkek kardeşi olan Arşidük Charles Lous'in en büyük oğlu olarak dünyaya geldi. 1889 yılında veliaht Arşidük Rudolf ölünce, Franz Ferdinand imparatorluğun varisi oldu.

Franz Ferdinand, Almanya yanlısı dış politikalar yerine, Avusturya'nın Rusya ile ilişkilerini canlandırması gerektiği, fikrini savundu. İçişlerinde ise, tahtın özellikle, Macaristan'da baş gösteren isyanlara karşı kuvvetlendirilmesi gerektiğine inanıyordu. İmparator Franz Joseph üzerinde etkisini giderek artıyor ve ona azınlıklara karşı kendi hükümdarlığını koruması konusunda baskı yapıyordu. 1906 yılından itibaren imparator üzerindeki etkisini daha da arttırdı ve 1913 yılında Ordu Başmüfettişliğine atandı.

Temmuz 1914'te eşi ile birlikte resmi bir ziyaret için gittiği Saraybosna'da bir Sırp milliyetçisi tarafından öldürüldü. Franz Ferdinand'ın suikastından bir ay sonra Avusturya Sırbistan'a savaş ilan etti ve Birinci Dünya Savaşı başlamış oldu.