Güneydoğu Anadolu'daki Hacılar, Can Hasa, Köşkhöyük ve Kuruçay yerleşmeleri 500 bin yıllarına doğru yakılıp yıkılmış, Çatalhöyük ise bir daha oturulmamak üzere ıssızlaşmıştır. I.Can Hasan, Köşkhöyük ve Kuruçay belirli bir aradan sonra yeniden iskan olunmakla birlikte bunlarda öncekilerden çok farklı yeni bir Kalkolitik kültür ortaya çıkar ki, böylelikle Kalkolitik Çağ'ın son evresine gelinir. Bazen kabaca 5000 ile 4000 yılları arasındaki döneme "Orta Kalkolitik Çağ" denmekle birlikte, burada yalnızca çanak çömleklerdeki kimi gelişme ve değişmelerden yola çıkılarak yapılmış böyle bir çağ yaratmaktan kaçınılmıştır.

Göller Yöresi'ndeki Kuruçay V.binyılın başlarına doğru meydana gelen istilayı izleyen bir boşluktan sonra kurulan ve tümüyle farklı bir yaşam biçiminin ortaya çıkışını yansıtan Geç Kalkolitik Dönem yerleşmeleri arasındadır. Bu zamanda, ortasından kerpiçten steli, yuvarlak ocak/sunağı ve masası bulunan, genellikle ayrık düzendeki dikdörtgen planlı ve tek odalı evler ile Kuruçay tipik bir köy görünümündedir. Bu köyde kullanılan çanak çömlekler de eskinin aksine tek renkli ve kaba görünümlüdür ve Anadolu'da iyi tanınmayan bir geleneği yansıtmaktadır. Erken Kalkolitik gelenek ise devamlılığını, kısmen de olsa sürdürmektedir. Kimileri Beycesultan'dakileri andıran yeni biçimler çoğunluktadır. Bardak ve maşrapa gibi küçük boylu kaplar en sevilen türler arasındadır. Radyokarbon belirlemelerine göre Kuruçay Geç Kalkolitik yerleşmeleri 3800-3200 yılları arasına tarihlenir. Karain Mağarası'ndaki iskan bu dönemde de sürmektedir.