Hidrografik haritaların yapımında klâsik harita ölçmelerine göre bazı yöntem benzerlikleri varsa da, çalışma ortamının sularla örtülü olması nedeni ile yöntemlerin uygulanma biçimi ve aletler yönünden önemli ayrıcalıklar görülür.

Klâsik çalışmalarda olduğu gibi burada da jeodezik bir ağın kurulması zorunludur. Ancak bu ağ, çalışma ortamının su olması nedeniyle harita alanını tamamen kapsamaz ye genellikle kıyıda tesis edilen jeodezik noktalardan oluşur.

Sualtı tabanına ait ölçmeler, su üzerindeki bir taşıttan yapılır. Bu çalışmada, derinlik ve konum belirlemesi için birbirinden bağımsız iki değişik ölçme söz konusudur. Sualtı tabanını doğrudan görmek olanağı bulunmadığından, ölçmeler önceden saptanan doğrultular üzerinde ve belirli aralıklarla yapılır.

Hidrografide »iskandil« adı verilen derinlik ölçmeleri, klâsik haritacılıktaki yükseklik belirlemesi (Nivelman) ile eş anlamlı olmasına rağmen, burada uygulanan yöntemler ve aletler tamamen farklıdır. Ancak derinliği ölçülen noktanın yatay düzlemdeki konumunu saptamak için genellikle klâsik yöntemlerden ve aletlerden yararlanılır.

Derinlik ölçmeleri sürekli değişen su seviyesine göre yapıldığından, ölçülerin ortak bir yüzeye indirgenebilmesi için, kıyıda maregraf (bölümlü latalar) istasyonları kurulur veya mevcut maregraflardan yararlanarak seviye değişmeleri izlenir.

Kıyı şeridine ait topoğrafik durum ve diğer ayrıntılar hidrografik haritanın özelliğine göre ya daha önce yapılmış güvenilir haritalardan alınır veya kıyıdaki jeodezik noktalardan ölçülür.

Su üzeri çalışmalarında Hidrografi taşıtı genellikle hareket halinde olduğundan yöntemlerin presizyonu jeodezik presizyonlara oranla daha azdır.