Atık suyun inhibitörleri içermesi spesifik solunum hızlarında katlık bir değişime neden olur.Ayrıca ağır metal iyonları inhibitörlerin yüksek konsantrasyonlarda bulunması hücre lizizinde dolayısı ile bulanıklığa BOD değerinin artmasına ve nihayet artık prosesinin tamamen durmasına neden olur.

Aynı konsantrasyonda inhibitör içeren aktif çamur ve saf kültür kıyaslanırsa inhibitörün aktif çamurdaki etkinliği daha azdır.(modifikasyon etkileri,kimyasal reaksiyonlar,çökelme,adsorpsiyon). Özellikle belirli bir süre sonra mikrobiyal populasyon inhibitörü metabolize etme yeteneği kazanması veya inhibitöre dirençli mutantların oluşması mümkündür.Örneğin;nitrosomonas saf kültürü durumunda 0,5 mg/1 tiyoüre varlığında nitrit üretimi tamamen inhibe edilir.Aynı sonuç için çamur prosesinde 5-20 kat fazla tiyoüre gerekir.

Arıtma sistemi de inhibitörlerin etkinliğinde rol oynar.Tamamen karıştırılabilen bir havalandırma tankı ile tapa akış(plug-flow)sistemi kıyaslandığında inhibitör etkisi ikincide daha fazladır.Bu durum özellikle fenol gibi yüksek konsantrasyonda inhibitör etkisine sahip düşük konsantrasyonlarda ise metabolize edilebilen maddeler açısından önemlidir.