1978 yılında Ankara'da doğdu. İlk, orta, ve lise eğitimini TED Ankara Koleji'nde aldı.

2002 yılında Indiana University of Pennsylvania'dan Uluslararası İlişkiler dalında yüksek lisans derecesi alan İpek Aydın 2002 - 2004 yılları arasında Washington, DC'de çeşitli politika araştırma merkezleri ve sivil toplum örgütlerinde çalıştı. ABD Kongre üyesi Dan Burton'ın ofisinde staj yapan İpek Aydın, daha sonra Türk - Amerikan Dernekleri Assamblesi'nde proje koordinatörü olarak görev yaptı. Amerikan Dış Politika Konseyi (American Foreign Policy Council) isimli araştırma kuruluşunda 'Afganistan'ın Yeniden Yapılandırılması' Projesi'nde araştırmacı olarak görev yapan İpek Aydın, Aralık 2003 - Nisan 2004 arasında Doğu Avrupa Demokrasi Enstitüsü'nün (Institute for Democracy in Eastern Europe) Orta Asya Programı'nda görev aldı. 2003 Azerbaycan Başkanlık seçimlerini AGİT'in Uluslararası Seçim Gözlemcisi olarak Bakü'de izledi.

İpek Aydın, Ekim 2004'te EPRI Dış Politika Etütleri Programı'na araştırmacı olarak katılmıştır.