1978 Ağustos'unda gerçekleştirilen bir eylemin sanığı olarak yakalandı.18 Ekim 1979'da Ankara Sıkıyönetim Mahkemesi'nce arkadaşı Mustafa Pehlivanoğlu ile birlikte ölüm cezasına çarptırıldı ve bu ceza 16 Temmuz 1980 günü Askeri Yargıtay'ca, Ekim 1980'de de MGK'nce onaylanmıştı.

Ancak 26 Temmuz 1980'de iki idam sanığı Mamak Özel Askeri Cezaevi'nden bazı kişilerin yardımıyla kaçırılmışlardı. Firarilerden Mustafa Pehlivanoğlu bir süre sonra Kütahya'nın Çal ilçesinde saklanırken ele geçirilmiş ve idam edilmişti.Ancak İsa Armağan'ın serüveni sürüyordu. Bir süre Kayseri'nin Yahyalı ilçesinde saklandıktan sonra izini kaybettirdi.Polisin Armağan'ı Almanya'da aradığı günlerde Armağan, İran'da Rızaiye hapishanesinde yatıyordu. 1981 Ekim'inde İran sınırını izinsiz geçmek suçundan İran'da yakalanarak mahkum olmuştu. Üstelik Armağan 3 ay süren bu mahkumiyetini tamamladıktan sonra İran makamlarınca sınırda Türk yetkililerine teslim edilmiş, ancak sınır polisi sahte kimlikli bu kişinin İsa Armağan olduğunu anlayamayınca serbest bırakmıştı.Armağan, bu kargaşa içinde yeniden İran'a dönmüş, yine "izinsiz giriş yapmak" suçuyla yakalanmış ve 10 gün gözaltı ile cezalandırılmıştı.İnterpol bu aşamada, 1982 Ocak ayı sonunda İsa Armağan'ın izini İran Uzuniyan Hahiphanesi'nde bularak Türk makamlarını uyarmıştı. Türk emniyeti hemen Armağan'ın parmak izlerini İran'a göndermiş ve Adalet Bakanlığı da iadesi için girişimde bulunma hazırlıklarına başlamıştı.Ancak bu arada İsa Armağan da boş durmamış cezaevinde kendisini çevresindekilere iyi tanıtmış, Türkiye'de komünistlere karşı mücadele verdiğini anlatmış serbest bırakılmasını sağlamıştı. Türk Adalet Bakanlığı, Armağan'ın iadesi için gerekli evrakların çevirilerini yaptırmakla meşguldü. Mart 1937 tarihli Türk-İran anlaşması suçluların karşılıklı iadesini öngörüyordu.İran'da hapishaneden çıkan İsa Armağan uzun yıllar devrim muhafızlığı yaptı. Bilahare Almanya'ya geçen Armağan, bu ülkede yakalandı. (1992). Armağan'ın yakalanmasına ülkücüler arasındaki krizin sebep olduğu söylendi. Bilahare Türkiye’ye iade edildi.Halen hapisanede.