Milli Mücadele'nin başlarında, Türkiye Büyük Millet Meclisi yönetimince oluşturulan geniş yetkili, olağanüstü yargı mercileri. Türkiye Büyük Millet Meclisi, 29 Nisan 1920'de kendi varlığına son vermeyi amaçlayan eylemleri ve iç ayaklanmaları önlemek amacıyla, Hıyanet-i Vataniye Kanunu'nu kabul etti. Yasada gösterilen suçları işleyenler sivil mahkemelerde ve harp divanlarında yargılanacak, verilen kararlar Türkiye Büyük Millet Meclisinde onaylanacaktı.

Yasanın uygulanmasında aksamalar olması ve mahkemelerin yetersiz kalmaları üzerine Hıyanet-i Vataniye Kanunu'nda belirtilen suçlara bakacak yeni mahkemeler kurulması kararlaştırıldı. İstiklâl Mahkemeleri de bu karar sonucu kuruldu. Mahkemelerin üyeleri, Türkiye Büyük Millet Meclisi üyeleri arasından seçilecekti. Sayısı ve nerelerde kurulacağı da meclis tarafından karara bağlanacaktı.

Zamanla bu düzenlemenin sınırları genişletildi ve İstiklâl Mahkemeleri, milli mücadeleyi tehlikeye düşürecek her türlü suça bakmakla görevlendirildi. Sonraki yıllarda İstiklâl Mahkemeleri gerektiğinde kuruldu ve kapatıldı. 1929 yılında bu mahkemelerle ilgili yasa yürürlükten kaldırıldı.