Türkiye Cumhûriyetinin ilk Diyânet İşleri Başkanı. Ulemâdan Börekçizâde Ali Kâzım Efendinin oğludur. Annesi Habîbe Hanımdır. 1861 senesinde Ankara’da doğdu. İlk ve orta öğrenimini Ankara’da yaptı. İstanbul’da Bâyezîd Câmii dersiâmlarından Âtıf Beyin câmi derslerine devam ettikten ve medrese öğrenimini tamamladıktan sonra icâzet (diploma) aldı. Ankara Fazliye Medresesi müderrisliğine tâyin edildi. 1898’de Ankara İstinâf Mahkemesi üyeliğine getirildi. 1907 senesindeAnkara müftüsü oldu. 1909’da tekrar mahkeme üyeliğine döndü.

Kurtuluş Savaşı sırasında Anadolu’daki Kuvâ-yi Milliyeyi destekledi. Anadolu ve Rumeli Müdâfaa-i Hukuk Cemiyetinin Ankara şûbe başkanlığını yürüttü. Millî Kurtuluş Savaşının meşrû olduğuna dâir fetvâ verdi. İlk TBMM’ye Menteşe (Muğla) milletvekili olarak katıldı. Altı ay kadar milletvekilliği yaptıktan sonra Ankara müftülüğü vazifesini üstlenerek milletvekilliğinden ayrıldı.

Halifeliğin kaldırılmasından sonra 30 Mart 1924’te Türkiye Cumhûriyetinin ilk Diyânet İşleri Başkanlığı vazifesine getirildi. Atatürkün düşüncelerine ve inkılâblara her yönüyle destek oldu. İlmî kariyere sâhip olmamakla birlikte, devrin siyâsî şartlarına uygun hareket etmek sûretiyle ömrünün sonuna kadar bu vazifede kalan Mehmed Rifat Börekçi 5 Mart 1941’de Ankara’da öldü.