Mehmet Mehdi Eker, 1956 yılında Diyarbakır/Bismil'de doğdu.

Ankara Üniversitesi Veterinerlik Fakültesi'ni bitiren Eker, İngiltere'de University of Aberdeen'de Tarım Ekonomisi dalında master yaptı.

Ankara Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü'nde doktorasını tamamlayan Eker, Lalahan Hayvancılık Merkez Araştırma Enstitüsü'nde Müdür Yardımcısı, İstanbul Büyükşehir Belediyesi'nde Veteriner İşleri Müdürlüğü, Tarım Bakanlığı'nda Tarımsal Üretim ve Geliştirme Genel Müdür Yardımcılığı ve Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğü ile bakanlık müşavirliği görevlerinde bulundu.

3 Kasım 2002 seçimlerinde Diyarbakır'dan AK Parti'den milletvekili seçilen Eker, 2 Haziran 2005'te Tarım ve Köyişleri Bakanlığı görevine atandı. 2007 seçimlerinde yeniden milletvekili seçilen Eker 60. Hükümet'te de Tarım ve Köyişleri Bakanlığı görevine atandı.

Evli ve 3 çocuk babası olan Eker, İngilizce biliyor.