Musa'nın doğduğu dönemde, Yakub'un on iki oğlunun soyundan gelen on iki İbrani kabilesi Mısır'da huzur içinde yaşamaktadır. Gerçekten de İbrahim'in soyundan gelenler, Tanrı'nın Yakub'un çocuklarına vaat ettiği Kenan topraklarından kaçmışlardı. Yusuf'un (Yakub'un oğlu) soyunun tükenmesinden sonra Mısır'da Yusuf'u bilmeyen yeni bir firavun çıktı. Yeni hükümdar kendini, selefinin Yakup'un soyuyla yaptığı anlaşmalara bağlı hissetmedi. İsrailoğullarını potansiyel bir tehlike olarak görüp zenginliklerine ve güçlerine kötü gözle bakmaya ve ağır işlerle onları bunaltmaya başladı. Ama çok geçmeden bu politikanın sonuçlarından hoşnutsuz kalarak, yeni doğan erkek çocukların öldürülmesini emretti.

Levi kabilesinden bir ailenin çocuğu olan Musa, halkının zulümlere uğradığı bu koşullarda dünyaya geldi. Yorumcular Musa'nın doğum tarihinin M.Ö. 13.-12. yüzyıllar arasına rastladığı konusunda görüş birliği içindedir. Kitab-ı Mukaddes, Musa'nın yaşamının ilk yıllarından oldukça az söz eder; bu konudaki on ayetin gizemi, çok çeşitli yorumlara yol açmıştır. Bu ayetler, yeni doğan oğlunu üç aydan fazla saklayamayan annesinin, onu ziftle kaplanmış bir sepetin içine yatırıp ablası Miryam'ın gözetiminde nasıl ırmağın kıyısına bıraktığını anlatır. Irmakta yıkanmaya gelen firavunun kızı çocuğu bulur; onu evlât edinip, para karşılığında bakması için kendi annesine verir. Çocuk büyüyünce kendisini evlât edinmiş olan annesinin yanına döner. Üvey annesi sulardan çekip çıkardığı için ona Musa adını verir ama Mısır kökenli bu ad "oğlu" anlamına gelmektedir. Sonraki ayetler Musa'nın nasıl İbranilerle kader birliğine girdiğini anlatır. Gerçekten de Musa, firavunun sarayında, yani halkından uzakta yetiştirildikten sonra kardeşlerinin arasına gider ve onların ağır acılarını paylaşır. Onlardan yana olduğunu açıkça göstererek, çocukluğuyla ve gençliğiyle olan bağlarını koparır. Hem isyanının coşkusunu hem de adalet arzusunu ortaya koyan bir hareketle, bir İbrani'yi döverken gördüğü bir Mısırlı'yı öldürür. Kaçmak zorunda kalan Musa, Midyan çölüne sığınarak orada Yetro'nun çobanlar tarafından tehdit edilen kızlarını kurtarır. Midyan rahibi olan Yetro, minnettarlığını göstermek için Musa'yı evinde kalmaya davet eder ve kızlarından birini eş olarak ona verir. Bu misafirlik döneminde, Tanrı ilk kez Musa'ya görünür ve ona adını (Yahve) söyler; Musa'ya halkını kurtarma, daha sonra da sütün ve balın sel gibi aktığı Kenan ülkesine götürme görevini verir. Musa bunun üzerine Mısır'a döner.