Uşaklı bir aileden gelen Prof. Dr. Erdoğan Alper, 1947 yılında Uşak'ta doğdu. Kurtuluş İlkokulu ile Uşak Lisesi orta kısmında okudu. Devlet parasız yatılı sınavını kazanarak okuduğu Kütahya Lisesi'ni 1963 yılında birincilikle bitirdi.

Kimya Mühendisliği alanında yurtdışı öğrenim bursu kazanarak Devlet tarafından İngiltere'ye gönderildi ve 1968 yılında Birmingham Üniversitesini birincilikle bitirdi. Doktora derecesini ise 1971 yılında Cambridge Üniversitesi'nden elde etti ve bu ünlü üniversitenin Kimya Mühendisliği Bölümünde eğitim gören ilk Türk oldu.

1972 yılında Türkiye'ye döndü ve sırasıyla Hacettepe ve Ankara Üniversitelerinde çalıştı. 1976'da doçent, 1981 yılında profesör oldu. 1978-79 yıllarında Alexander von Humboldt Vakfı misafir öğretim üyesi olarak Hannover Teknik Üniversitesi'nde çalıştı.

1983-88 yılları arasında Kral Fahd Petrol ve Mineral Univesitesinde (KFUPM, S.Arabistan) çalıştı ve projeleri petrol şirketi ARAMCO tarafından desteklenip, uygulamaya konuldu. 1988-90, 1992-95 ve 1998-99 yıllarında Kuveyt Üniversitesinde çalıştı ve Kuveyt Bilimsel Araştırma Enstitüsü (KISR) danışmanı oldu. Bu kapsamda Kuveyt Petrol Rafinerileri Şirketinin (KNPC) innovatif yöntemlerle modernleştirmesi ve petrokimya tesislerinin planlaması gibi kapsamlı projelerde görev aldı.

1990-93 yıllarında TÜBİTAK Marmara Araştırma Merkezi Kimya Mühendisliği Bölümü Başkanlığı yaptı ve Çevre Mühendisliği Bölümü'nü kurdu. 1990-92 yıllarında PETKİM Petrokimya Holding A.Ş. yönetim kurulu üyeliği yaptı bu şirkette köklü bir araştırma kültürü oluşmasını sağladı.

Önemli bir kısmı uluslararası kuruluşlarca desteklenen çok sayıda araştırma projesi yürüttü ve NATO tarafından desteklenen yaz okulu direktörlüğünü yaptı. Mesleğiyle ilgili ingilizce olarak yazdığı iki kitabı Hollanda'da basıldı ve 100 civarında çoğu 'Uluslararası Atıflar İndeksi' (SCI) kapsamında makaleleri yayınlandı. Bu nedenle TÜBİTAK ödülü aldı.

1996 yılından itibaren yeniden Hacettepe Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümünde çalışmaya başladı ve halen Bölüm Başkanlığı görevini de yürütmektedir.