1967 Trabzon doğumlu olan Mustafa Aydın 1988'de Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi (Mülkiye), Uluslararası İlişkiler bölümünden mezun oldu. İngiltere'de Lancaster Üniversitesi'nde Uluslararası İlişkiler ve Stratejik Araştırmalar alanında Yüksek Lisans (1991) ve Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler alanında Doktora (1994) eğitimi yaptı. 1995-2005 arasında Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nde öğretim üyeliği görevinde bulunan Aydın, 1999'da Doçent, 2005'de Profesör oldu. Halen Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi (TOBB-ETÜ), Uluslararası İlişkiler Bölüm Başkanlığını görevini yürütmektedir.

Prof. Dr. Aydın Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi Senatosu; aynı üniversitenin İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Yönetim Kurulu; T.C. Genel Kurmay Başkanlığı, Stratejik Araştırmalar ve Etütler Merkezi (SAREM) Araştırma-Planlama Kurulu; Dışişleri Bakanlığı Stratejik Araştırmalar Merkezi (SAM) Yayın Danışma Kurulu; ve Orta Doğu Araştırmaları Dünya Kongresi Yönetim Kurulu üyesidir. Uluslararası Politika Araştırmaları Enstitüsü (IPRI) Direktörlüğü; Uluslararası İlişkiler Konseyi Yönetim Kurulu Başkanlığı ve T.C. Milli Güvenlik Akademisi Uluslararası Siyasi İlişkiler Modülü Koordinatörlüğü görevlerini de yürüten Prof. Aydın, aynı zamanda Avrupa Birliği Genç Biliminsanları Programı Danışmanı; Kanada Sosyal ve Beşeri İlimler Araştırma Konseyi Hakemi; International Center for Black Sea Studies (ICBSS) Türkiye Temas Noktası, ve Hellenic Center for European Studies Kıdemli Araştırmacısıdır. Prof. Aydın, Ocak 2007'den itibaren International Caucasus Caspian Commission'ın Başkan Yardımcılığı görevini de yürütmektedir.

Profesör Aydın daha önce 1999-2003 arasında Avrasya Stratejik Araştırmalar Merkezi (ASAM) Türkistan Masası Başkanlığı ve Yayın Kurulu Koordinatörlüğü (2002-2003); Gen. Kur. Bşk., ATASE Başkanlığı, Atatürk Araştırma ve Etütler Merkezi (ATAREM) Genel Kurul üyeliği (2000-2005); Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi, Fakülte ve Yönetim Kurulları üyelikleri (2001-2004) ile Uluslararası Siyasi ve Ekonomik İlişkiler Araştırma Merkezi Yönetim Kurulu (1997-2005) ve Stratejik Araştırmalar Merkezi Merkez Kurulu Üyeliği (2003-2005); Devlet Planlama Teşkilatı Dokuzuncu Beş Yıllık Kalkınma Planı Türkiye'nin Ekonomik Dış İlişkileri İhtisas Komisyonu Üyeliği (2005); First World International Studies Conference (WISC) Danışma Kurulu Üyeliği (2005); T.C. Cumhurbaşkanlığı, Ekonomi ve Dış Politika Çalışma Grubu Üyeliği (2003-2007) görevlerinde; ve çeşitli dönemlerde Bosna-Hersek, Kırgızistan, Filistin, Gürcistan ve Azerbaycan'daki seçimlerde gözlemci olarak bulunmuş; yurtdışında ve içinde Türkiye, Türk dış politikası ve genel olarak uluslararası ilişkilerle ilgili yüzlerce konferans vermiştir.

Prof. Aydın yıllar içerisinde Ankara ve ETÜ dışında, Dokuz Eylül, Gazi, Bilkent ve Atılım üniversiteleri ile German Marshall Center, NATO Savunma Koleji, Milli Güvenlik Akademisi ve Kara Harb Okulu'nda 'Uluslararası Politika', 'Uluslararası İlişkiler Teorileri', 'Savunma ve Strateji Sorunları', 'Uluslararası Güvenlik Çalışmaları', 'Küreselleşme ve Uluslararası İlişkiler', 'Avrupa Birliği'nin Uluslararası İlişkileri', 'Türk Dış Politikası', 'Uluslararası İlişkilerde Devrimler ve Devrimci Hareketler', 'Siyasi Tarih' ve 'Avrasya Politikaları' üzerine dersler vermiştir. Prof. Aydın yurt dışında Michigan Universitesi (1998), Richardson Institute for Peace Studies (1999), Harvard Universitesi Kennedy School (2002), Atina Üniversitesi (2003) ve Avrupa Birliği Güvenlik Araştırmaları Enstitüsünde (2003) misafir araştırmacı olarak bulunmuştur.

Daha önce Turkish Yearbook of International Relations, Review of International Affairs ve Ankara Papers dergilerinin editörlüklerini yapan ve halen Uluslararası İlişkiler dergisinin ortak editörlüğünü yürütmekte olan Aydın'ın yayınlanmış çalışmaları arasında şunlar vardır: 2000'li Yıllara Doğru Türkiye'nin Önde Gelen Sorunlarına Yaklaşımlar: Dış Politika (1998), Turkish Foreign Policy During the Gulf War (1998), Turkey at the Threshold of the 21st Century (der. 1998); Central Asia and the Caucasus; Conflict and Security in the Post-Soviet Space (1999); New Geopolitics of Central Asia and the Caucasus (2000); Barış Çalışmaları ve Çatışmaların Çözümü (2001); Turkey's Gulf Policy Revisited (2002); Turkey's Foreign Policy in the 21st Century (2003, T. Ismael'le der.); Escaping from the Security Dilemma in the Aegean (2004, K. Ifantis'le der.); Turkish-American Relations (2004, Ç. Erhan'la der.); Turkish Foreign Policy; Framework and Analysis (2005); Beş Deniz Havzasında Türkiye (2006, Ç. Erhan'la der.); International Security Today: Understanding Change and Debating Strategy (2006, Kostas Ifantis'le der.); Turkish Foreign and Security Policy; Its Environs in Eurasia and the Middle East (2006, Antonio Marquina'yla der.); Regional In/secuity: Redefining Threats and Responses (2007, Ç. Erhan ve S. Açıkmeşe'yle der.); Türkiye'nin Avrasya Macerası (2008, der.).