Babası Türk Tarih Kurumu başkanlığı da yapan Ord. Prof. Enver Ziya Karal'dır. Seçil Karal Akgün, Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih Coğrafya Fakültesi Tarih Bölümü'nü bitirdikten sonra doktora ve doçentlik çalışmalarını da aynı bölümde yapmıştır. 1970-1981 yılları arasında bu üniversitede Türk İnkılap Tarihi Enstitüsünde ilkin asistan, sonra doçent olarak çalışmıştır.

1982 yılında Orta Doğu Teknik Üniversitesi'ne geçmiş, 1989 yılında profesörlüğe yükseltilmiştir. 1991-97 yılları arasında ODTÜ'de Tarih Bölümü Başkanlığı'nda bulunmuştur.

Gülhane Askeri Tıp Akademisi, Kara Harb Okulu Bilkent Üniversite'nde de Türkiye Cumhuriyeti Tarihi dersleri vermiştir. Yurt dışındaysa Almanya'da Frankfurt, Amerika Birleşik Devletleri'nde Salt Lake City ve Columbia, İsrail'de Jerusalem ve Hayfa üniversitelerinde Osmanlı İmparatorluğu ve Türkiye Cumhuriyeti tarihi üzerine dersler ve seminerler vermiş, araştırmalar yapmıştır.

Çalışmaları yakın dönem Osmanlı Tarihi ve Türkiye Cumhuriyeti tarihi üzerinedir. Laiklik, Ermeni meselesi, ve Kızılay Tarihi üzerine kitapları, Atatürk, T.C. Tarihi, Türk devrimi, laiklik, kadın hakları, Amerikalı misyonerler Osmanlı İmparatorluğunun son dönemi ve Cumhuriyet döneminde eğitim üzerine yurt içinde ve dışında yayınlanmış makaleleri vardır.

Seçil Karal Akgün Atatürkçü Düşünce Derneği, Anıtkabir Derneği, ODTÜ Öğretim Elemanları Derneği, Türk Felsefe Derneği, Fulbright, Tarih Vakfı ve yurt dışında Turkish Studies Association ve Enstitute des Etudes Sud Est European kuruluşlarının üyesidir.

Atatürkçü Düşünce Derneği Merkez Yönetim Kurulu üyeliği ve Genel Başkan Yardımcılığı da yapmış olan Seçil Karal Akgün ikinci kez ODTÜ Tarih Bölümü başkanlığı yapmaktadır ve Anıtkabir Derneği Yönetim Kurulu Üyesidir.