1944 İstanbul doğumlu Toktamış Ateş, orta ögrenimini Avusturya Ortaokulu'nda, lise eğitimini de Vefa Lisesi'nde yaptı. 1967 yılında İstanbul Üniversitesi'nin İktisat Bölümü'nü bitirdikten sonra bu bölümün Siyasal Bilimler Kürsüsü'ne asistan olarak atandı. 1969'da "Kuruluş Dönemi Osmanlı Toplumunun Siyasal Yapısı" başlıklı çalışmasıyla doktor, 1974'de "Demokrasi Teorisi" başlıklı çalışmasıyla doçent, 1982'de de profesör oldu.

İstanbul Üniversitesi'nin yanısıra, değişik kurumlarda ders verdi. Yine ders vermek için, çeşitli dönemlerde ABD (Iowa) ile Almanya'da (Berlin - Münih) bulundu. Günümüzde, İstanbul Üniversitesi'nin İktisat Fakültesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü başkanlığının yanısıra, kurucuları arasında yeraldığı Bilgi Üniversitesi'nde Yönetim Kurulu üyesidir. Yayınladığı kitap sayısı 30'u geçen Ateş, 10 yılı aşkın bir süre boyunca Cumhuriyet gazetesinde yazmıştır. Şu anda Bugün gazetesinin yazarları arasındadır.