Çeşitli canlı türlerinin sınıflandırılmasında viruslerin yeri ve konumu hala sorun olmakla birlikte, diğer organizmaların tümü ikiye ayrılabilir;ökaryotlar ve prokaryotlar.Hücre içi orgnitler bakımından zengin ve iyi belirlenmiş bir çekirdeğe sahip, karmaşık yapıda hücrelerden oluşan canlılara ökaryotlar(gerçek çekirdekli), genellikle tek hücreli ve daha basit yapılı olanlara prokaryotlar denir.prokaryot hücrelerde belirgin bir zarla sınırlanmış çekirdek yoktur.bunlarda sitoplazmanın içinde serbestçe yüzen DNA sarmalı bulunur, mitokondri ve kloroplastda yoktur.Ayrıca prokaryotlar, bakterilerdeki kavuşma yoluyla üremeyi saymazsak eşeysiz coğalırken, ökaryotlarda meyoz bölünme eşeyli üremenin temelidir.Prokaryotlar yeryüüznde ortaya çıkmış en eski hücresel yapıyı temsil eder ve Prekambrien Devri'nden beri, oldukça büyük çeşitlilik göstermiş olan ökaryotlarla kıyaslanacak olursa, bunların pek fazla bir evrim geçirdiği söylenemez. Genel olarak prokaryotların sınıflandırılmasında iki büyük grup organizma yer alır: tek hücreden ibaret olan bakteriler ve bazen çok hücrelide olabilen ve klorofil pigmentinin varlığıyla diğerleirnden ayrılan mavi su yosunları.Bakteri hücreleri çok çeşitli biçimde olabilir:en yaygın biçimler yuvarlak, çomak ve sarmal tipte olanlardır. Bakterinin hücre çeperi özel bir yapıdadır ve hem madde alışverişinin gerçekleştiği bölge hemde hücrenin iskelet yapısı olarak önemli bir role sahiptir. Bakterilerin sınıflandırılması örneksenme yoluyla yapılmıştır ve bütün bakterile dört şubeye ayrılır.

1.Özbakteriler

2. mikrobakteriler

3. algobakteriler

4. protozoobakteriler

Mavi suyosunları bakterilerden eşeyli üremenin hiç görülmemesi ve özümleyici pigmentlerin varlığıyla ayrılır. Bunlar belli bir dereceye kadar karmaşık bir yapı gösteren tal yapısındadır ve bu yapılara göre mavş su yosunlarının iki alt sınıfından birine dahil edilir.