Mustafa Efendi Selanik'te doğdu. Haremyn mukataacılığı ve Nişancı Mehmed Paşa'nın divitdarlığını yaptı. Silahdar katibi oldu (1587). Gence seferine katıldı ve bu sefer sonunda sipahi oğlanları katipliğine getirildi. İstanbul'a dönüşünde bu görevinden alındı (1589). Safevi elçilik heyetiyle, Haydar Mirza'nın misafir edileceği sarayın hazırlanması ve yapılacak masrafların hesabını tutmak görevi verildi (1590).

Sadrazam Ferhad Paşa tarafından ruzname yazmakla ve ayrıca Anadolu muhasebeciliği ile görevlendirildi. Ferhad Paşa azledilince bu görevini kaybetti. 1593'de Osmanlı devletine sığınan, Gilan hakimi Han Ahmed'in mihmandarlığına tayin edildi. Sadrazam İbrahim Paşa tarafından Ruzname-i Humayun'un nakline memur oldu ve buna ek olarak da evkaf muhasebeciliği verildi.

Haçova muharebesinden kaçanların, İstanbul'daki mülklerine el konulması ile görevlendirildi (1598). Mustafa Efendi, devrinin olaylarını bütün ayrıntıları ile yazmıştır. Tarih-i Selaniki adlı eseri, 1563-1600 yılları arasındaki olayları içine alır. Eserinde saray törenleri, tayinler, aziller, mali sıkıntılar, kapıkulu askerlerinin isyanları anlatılır. 1600 yılında İstanbul'da öldü.