Edirne yakınlarında, bugünkü Yunanistan topraklarında bulunan Simavna kasabasında doğmuştur. Babası Selçuklu Sultanı II. İzzeddin Keykavus'un torunu olduğu söylenen Abdülaziz'in oğlu İsrail, annesi ise Rum asıllı bir hristiyan iken müslüman olan Melek Hatun'dur. Babasının mesleği nedeniyle Simavna Kadısı Oğlu diye tanınmıştır. Edirne'nin Osmanlılar tarafından alınmasından sonra ailesi ile buraya yerleşmiştir. Şeyh Bedreddin ilk tahsiline babasının yanında başladı. Daha sonraları Şahidi adlı bir hocadan ders aldı. Mevlana Yusuf'tan sarf ve nahiv okudu. Koca Efendi diye de bilinen Bursa Kadısı Şeyh Mahmud ile oğlu Musa Çelebi'nin I. Bayezid'in refakatinde Edirne'ye gelmeleri üzerine, ileride astronomi ve matematik alanlarında büyük şöhret kazanacak olan Musa Çelebi ile birlikte Koca Efendi'den ders almaya başladı; bu arada Mevlana Yusuf'un yanında fıkıh öğrenimine de devam etti.

6 ay sonra Musa Çelebi ve amcası Abdülmü'min'in oğlu Müeyyed ile birlikte 1 yıl süre ile Bursa Kaplıcaları Medresesi'nde yine Hoca Efendi'nin derslerini takip ettiler. Bu 3 öğrenci Bursa'dan Konya'ya gittiler ve orada Mevlana Feyzullah'tan mantık ve astronomi dersleri aldılar. 1 yıl sonra Musa Çelebi Semerkant'a giderek Uluğ Bey'in astronomi hocası olurken Bedreddin Simavi ve Müeyyed 1381'de Şam'a gittiler. Fakat Veba salgını nedeniyle Küdus'e dönerek Mescid-i Aksa'da İbnü'l Askalani'den hadis okudular. Daha sonraları Türk Beyi Ali Keşmiri'nin himayesinde Kahire'ye gittiler. Ali Keşmeri verdiği yemekte yapılan ilmi sohbet sırasında orada bulunan Şah el-Mantıki, Bedreddin Simavi'yi çok beğenmiş, bunun üzerine Bedreddin Simavi kendisinin en gözde öğrencisi olmuştur. 1383'te Hac için Mekke'ye giden Şah, Bedreddin Simavi'yi de yanına alır.

Sultan Berkuk, Bedreddin'in başarısını öğrenmiş, bunun üzerine oğluna ders vermesi için kendisini saraya davet etmiştir. Bedreddin Üç yıl bu görevde kalmıştır. Sultan Berkuk, hocası olan Ahlatlı Şeyh Seyyid Hüseyin ile Bedreddin Simavi'nin tartışmalardaki başarılarından memnun kalmış ve Bedreddin'i cariyelerinden Cazibe ile, Ahlatlı Hüseyin'i de onun kardeşi Meryem ile evlendirmiştir. Bu evlilik onun ilmi ve fikri hayatında bir dönüm noktası olmuş, baldızı Meryem'le yaptığı tasavvufi sohbetler üzerine tasavvufun aleyhinde iken tavrını değiştirerek Ahlatlı Şeyh Hüseyin'e intisap etmiştir. Bir süre sonra hastalanan Bedreddin Simavi doğuya bir geziye çıktı.

1402-1403 yıllarında Tebriz'e giderek Timur'un otağında İranlı alimlerle yaptığı tartışmalarda Timur'un ilgisini çekmiştir. Daha sonra Kahire'ye geçen Bedreddin Simavi, Şeyhinin gözetiminde çilesini doldurdu ve onun ölümü üzerine şeyhlik makamına geçmiştir. Diğer şeylerle arası açılınca Edirne'ye dönmeye karar verdi. Filistin, Şam ve Halep üzerinden Konya'ya geçmiştir. Daha sonra Tire'ye geçerek isyan hareketlerinin ileri gelenlerinden Börklüce Mustafa ile tanıştı. Daha sonraları İzmir'e geçti ve burada bir başka isyan hareketinin elebaşısı olan Torlak Kemal ile tanıştı.

Şehzadeler mücadelesi sırasında Bayezid'in oğullarından Musa Çelebi'nin kardeşi Süleyman Çelebi ile yaptığı savaş sonunda Edirne'yi ele geçirmesi üzerine Şey Bedreddin kazaskerliğe tayin edildi ve aktif olarak siyasi hayata atıldı. Musa Çelebi'nin kardeşi Mehmed Çelebi karşısında yenik düşmesiyle 1413'te Şey Bedreddin ailesi ile birlikte İznik'e sürgün edildi. Kendisine 1000 akçe maaş bağlandı fakat bu durumu kabulenmeyerek siyasi teşkilatlanmayı sağlamak üzere harekete geçti. Börklüce Mustafa'yı Aydın ve civarında propaganda faaliyetleri için görevlendirdi. Börklüce Aydın ve Karaburun'da binlerce sempatizan topladı. Ancak onun bu faaliyetleri nedeniyle kendisinin sorumlu tutulacağından kaygılanan ve bu gelişmelerin isyan hareketi başlatma imkanı hazırladığını düşünen Şeyh, göz hapsinde olmasına rağmen muhtemelenen 1416'da İznik'ten kaçmayı başarmış, Kastamonu'ya giderek İsfendiyar Bey'e sığınmıştır. Tatar iline ulaşmak niyetinde iken bu amacına ulaşamamıştır. Bunun üzerine Sinop Limanı'ndan bir gemiye binerek Rumeli'ye geçmiştir. Önce Zağra, oradan da Silistre, Dobruca ve Deliorman'a gitmiş ve buraya yerleşmiştir. Burada taraftarları oldukça hızlı bir şekilde artmıştır.

Bu üç isyancının başarılarından endişelenen Sultan Mehmed, Şeyh'in üzerine büyük bir kuvvet göndermiştir. Börklüce Mustafa ve Torlak Kemal bozguna uğratılmış, şeyin adamları dağıtılarak, şey esir alınmıştır. Padişah'ın emriyle bir heyet kurularak şeyh yargılanmıştır. Bu heyet Şeyhin, malı ve ailesi korunmak şartıyla idamına karar vermiştir. Bu fetva üzerine Şeyh Bedreddin 1420'de Serez'de idam edilmiş ve burada defnedilmiştir. 1961'de kemikleri, Sultan Mahmud'un Divanyolu'ndaki türbesi haziresine defnedilmiştir.