1945 yılında İstanbul'da doğan (E) Tümamiral Engin HEPER, 1961 yılında Deniz Lisesi'ne girmiş, 1966 yılında Deniz Harp Okulu'ndan Asteğmen olarak mezun olmuş, Deniz Harp Okulu'nda iki yıl da subay olarak öğrenimine devamla 4 yıllık Deniz Harp Okulu tahsilini tamamladıktan sonra 1968 yılında Donanmaya katılmıştır.

Donanmada TCG AVCIBOTU-25'te II.Komutanlık ve Başçarkçılık, TCG GEMLİK ve TCG ZAFER'de Denizaltı Savunma Harbi Subaylığı, TCG İSKENDERUN, TCG İÇEL ve TCG PİYALEPAŞA'da Seyir Harekat Subaylığı, TCG ANITTEPE'de II.Komutanlık, 1988-1989 yıllarında TCG SOKULLU MEHMETPAŞA'da Komutanlık ve 1993-1994 yıllarında II.Çıkarma Gemileri Filotilla Komodorluğu görevini deruhte etmiştir.

1978 yılında Deniz Harp Akademisi'nden, 1982 yılında A.B.D. Deniz Akademisi'nden (NCS), 1984 yılında Silahlı Kuvvetler Akademisi'nden ve 1992 yılında Milli Güvenlik Akademisi'nden mezun olmuştur.

1981-1983 ve 1991-1992 yıllarında Deniz Harp Akademisi'nde, 1984-1985 yıllarında ise Milli Güvenlik ve Silahlı Kuvvetler Akademisi'nde öğretim üyeliği görevlerinde bulunmuştur.

Deniz Kuvvetleri Komutanlığı, Donanma Komutanlığı ile Deniz Eğitim ve Öğretim Komutanlığı Karargahlarında muhtelif karargah görevlerinde bulunmuştur. 1985-1988 yıllarında NATO Karargahı Güney Avrupa Müttefik Kuvvetler Komutanlığı (AFSOUTH) ENF Deniz Proje Subayı, 1989-1990 yılında Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Genel Sekreteri, 1990-1991 yılında Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Harekat Başkanlığı Eğitim Değerlendirme ve Yönlendirme Şube Müdürü, 1992-1993 yılında Deniz Eğitim ve Öğretim Komutanlığı Eğitim Öğretim Başkanı, 1994-1995 yılında Donanma Komutanlığı Harekat Başkanı ve 1995-1996 yılında Deniz Eğitim ve Öğretim Komutanlığı Kurmay Başkanı olarak görev yapmıştır.

30 Ağustos 1996 tarihinde Tuğamiralliğe terfi eden (E) Tümamiral Engin HEPER, 1996-1997 tarihleri arasında Güney Deniz Saha Komutanlığı Kurmay Başkanlığı, 1997-1998 tarihleri arasında ise Ege Deniz Bölge Komutanlığı, 1998-1999 yılları arasında Dz.K.K.lığı MEBS Başkanlığı, 1999-2001 yılları arasında Gölcük Deniz Üs Komutanlığı görevlerini deruhte etmiştir.

30 Ağustos 2001 tarihinde Tümamiralliğe terfi eden (E) Tümamiral HEPER, 2001-2002 yılları arasında Deniz Harp Akademisi Komutanlığı görevini deruhte etmiş, 03 Ağustos 2002 tarihinde Sahil Güvenlik Komutanlığı'na atanmıştır.

14 Ağustos 2002-12 Ağustos 2005 tarihleri arasında Sahil Güvenlik Komutanlığı görevini deruhte eden (E) Tümamiral Engin HEPER, 30 Ağustos 2005 tarihinde emekliye ayrılmıştır.

(E) Tümamiral Engin HEPER, Bayan Serap HEPER ile evli olup Gözde ve Berat isimlerinde bir kızı ve bir oğlu vardır. (E) Tümamiral Engin HEPER İngilizce bilmektedir.