Kırgız baskınından kaçan Uygur boylarının önemli bir kısmı Doğu Türkistan'a göçmüşlerdir. Burada Turfan ve Karaşar şehirlerinin civarında yerleşen Uygurlar, Türk medeniyet tarihi açısından büyük değer taşırlar. Daha Orhun Uygurları zamanında, tarım ve ticaret merkezleri olan Türkistan'ın bu büyük şehirleri, Uygurların etkisi altına girmişlerdi. Bu nedenle Uygur devletinin yıkılmasından sonra, Turfan dolaylarına kaçan Uygurlar için, bu bölge güvenilir bir yer olmuştur.848 yılından sonra, kendilerini toparlayıp, varlıklarını komşularına kabul ettiren Uygurlar, 856 yılında ise kağanlıklarını ilân etmişlerdir. Bu dönemde başlarında Mengli Kağan bulunuyordu. Mengli Kağan, Uluğ Tengride Kut Bulmış Alp Külük Bilge Kağan, (bugünkü Türkçe ile; Ulu Tanrı da güç ve saadet bulmuş, kahraman, çalışkan Bilge Kağan) ünvanını taşıyordu.

Kağanlık merkezi olarak Turfan şehrini seçtikleri için, kendilerine Turfan Uygurları denilmiştir. Ayrıca yazlık başkentleri olarak Beş-balıg şehrini kullandıkları için, kaynaklarda Beş-balıg Uygurları adı da kullanılıyordu.

Çin yönetimi, bu Uygur devletini Tibet tehlikesine karşı desteklemiştir. Uygurlar da Doğu Türkistan'da etkinliklerini artırmış olan Tibetlileri bu bölgeden çıkarmışlardır. Böylece batıdaki sınırlarını Urumçi şehrine kadar uzatmışlardır.

Turfan Uygurları Mani dinine inanıyorlardı . Bu dini, siyasi amaçları için de kullanan Uygurlar, dinlerini himaye bahanesiyle Çin üzerinde baskı kurmuşlardır.

Kültür ve medeniyet bakımından büyük gelişmeler gösterecek olan Uygurlar, 1335 yılına kadar devletlerini yaşatacaklardır. Gerek X. yüzyılda Çin'in kuzeyinde Hıtay devletinin kuruluşunda, gerekse Cengiz Han devletinin gelişmesinde, bu Uygurların, öncülük, bilgi ve tecrübelerinin çok büyük payı olmuştur. Uygurlara devlet teşkilâtında çok önemli görevler veren Moğollar, yazı olarak da Uygur yazısını kullanıyorlardı. Moğollar'ın XVI. yüzyıla gelindiğinde büyük oranda Türkleşmesinde Uygurlar, önemli rol oynamışlardır.