Göktürk devleti ortadan kalkınca, 743 yılında Basmılların idaresinde yeni bir devlet kuruldu. Uygurlar bu Basmıl Kağanlığı' nın Sol Yabgusu, yani doğu Yabgusu; Karluklar ise, Sağ Yabgusu, yani batı Yabgusu oldular. Bu yeni devlet, tam bir federal devlet biçimindeydi. 744 yılında Uygur Yabgusu, Basmıl Kağan'ını mağlüp ederek kendini kağan ilân etti. Kağanlık ünvanı olarak da Kutluk Bilge Kül Kağan ünvanını aldı. Böylece Uygur Kağanlığı kurulmuş oldu. Bu kağanlık ünvanından da anlaşılacağı üzere, Göktürk devletinin gelenek ve töreleri yeni Uygur Kağanlığı'nda da devam ediyordu. Ancak Uygurlar arasında Buda ve Mani dini gibi yabancı inanışlar yayıldıkça, Kağan unvanlarında da birtakım değişiklikler olmaya başlayacaktır. Uygur devletini kuranlar Orhun bölgesini yurt tuttukları için, bunlara Orhun Uygurları denilmektedir. Kutluk Bilge Kül Kağan ölünce yerine oğlu Bayan Çur, kağan oldu. Uygurların en büyük kağanı olan Bayan Çur Kağan, unvan olarak da "Tengride bolmış, il itmiş Bilge Kağan" ünvanını aldı. Bu ünvanın anlamı ise, Gökte doğmuş, devlet yönetmiş, Bilge Kağan demekti. Bayan Çur Kağan devri (747-759), Uygurların dört yönde genişledikleri bir devirdir. batıda Kara Türgeş devleti, Uygur hâkimiyetini tanımak zorunda kaldı. Kırgız, Çik, Sekiz Oğuz ve Dokuz Tatar gibi Türk boyları itaat altına alınarak, devlet otoritesi güçlendirildi. Öte yandan yine bu devirde, güneydeki Beş-balıg, Kuça ve Karaşar gibi zengin tarım ve ticaret şehirleri de Uygur etkisi altına alınmıştır. Turfan bölgesi ile Uygurlar arasındaki ilişkiler de, yine bu devirden itibaren başlamış oluyordu. Bayan Çur Kağan'ın önemli işlerinden birisi de, onun zamanında, Uygurlar arasında şehirleşme eğilimlerinin başlamasıdır. O, Ordu-balıg adında başkentleri olan bir şehir kurdurmuştur (757). Diğer yandan aynı kağan, gittikçe güçlenmekte olan Tibet tehlikesini sezerek onlara karşı cephe aldı. İmparatorun isteği üzerine, Çin'de büyük bir tehlike yaratan An-luşan adlı Türk asıllı bir generalin isyanının bastırılmasına yardım etmiştir. Bu yardım sonunda yapılan anlaşma ile, Uygur tüccarlarına Çin kapıları da açılmış oldu. Bayan Çur Kağan'ın Şine-usu gölü yakınında bulunmuş, Göktürk yazısı ile yazılmış olan, Türkçe bir kitabesi vardır. Bu kitabede kağan olarak yaptığı işler anlatılmaktadır. Bayan Çur kağan'ın ölümünden sonra yerine oğlu Bögü Kağan oldu (759) . Bögü Kağan'ın faaliyetleri siyasi ve manevi olmak üzere başlıca iki alanda olmuştur. Siyasi faaliyetleri daha çok Çin üzerine olmuştur. Çin'de baş gösteren isyanların bastırılması sebebiyle sık sık Çin'e girilmiştir. Ancak Uygurların Çin'e girişlerinde Çin'in çeşitli bölgelerine yağma akınları da yapılıyordu. Çin'deki isyanların en önemlisi yabancı kavimlerin Tibetliler etrafında birleşmeleri sonucunda ortaya çıkan isyan olmuştur. Bu Tibet isyanı ancak Uygurlar yardımı ile önlenebilmiştir. Bögü Kağan'ın manevi alandaki en büyük faaliyeti, Maniheizm dinini kabul etmesi olmuştur. Bögü Kağan, aynı zamanda bu dinin öncülüğünü de üstlenmişti. Bir tüccar ve şehirli dini olan Mani dininin kabulünün, Uygurların savaşçı ruhlarını gevşetmekle beraber, ilim, sanat ve edebiyatta ilerlemelerine katkısı olmuştur. Eskiden beri Orta Asya Türk kavimleri arasında, çok geniş ve köklü bir kültüre sahip olan Çin'in zabtedilemeyeceği, bu mümkün olsa bile uzun süre elde tutulamayacağına dair yaygın bir inanış vardı. Bögü Kağan Çin'in zayıf bir anında Çin'i ele geçirmek istemişti. Ancak veziri Baga Tarkan, adı geçen inanış sebebiyle Kağan'ın bu girişimine karşı çıktı. Ancak sözünü dinletemeyince Bögü Kağan'ı öldürüp Alp Kutluk Bilge Kağan ünvanıyla tahta geçti (779). Bundan sonraki kağanlar onun soyundan gelmiştir. Bu tarihten sonra Uygur devletini oluşturan kabileler arasında huzursuzluklar da başlamıştır. Kültür ve ticaret bakımından gelişen Uygurların savaşçılık tarafları zayıflamıştı. 840 yılında, Uygurların kuzeybatı kısımlarında yaşayan Kırgızlar, 100 bin kişilik atlı kuvvetleri ile, Uygur başkentine baskın düzenleyerek kağanlarını öldürüp, halkı kılıçtan geçirdiler. Bu şekilde Bayan Çur ve Kutlug Bilge Kağan zamanında uğradıkları saldırıların intikamını korkunç bir şekilde almış oldular. Bu baskından kurtulan Uygurlar, canlarını kurtarmak için çeşitli yönlere dağılmak zorunda kaldılar.