İlk ve orta tahsilini 1939 yılında dünyaya geldiği Kars'da, Yüksek tahsilini 1961 - 1962 yıllarında mezun olduğu Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi'nde zooteknist olarak yaptı. 1986-1987 Güz döneminde Gazi Üniversitesi Gazi Eğitim Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünden fark derslerini vererek mezun oldu. 1987 yılında Hacettepe Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsünden Yakın Çağ Tarihinden "Şeyh Sait" konulu 1989 yılında Gazi Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünde Halk Edebiyatından "Doğu Anadolu'da Eski Türk İnançlarının İzleri" konulu ve 1991 yılında Erciyes Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Dinler Tarihi'nden "Kuzey Azerbaycan Doğu Anadolu ve Kuzey Irak'da eski Türk Dini İzleri, Dini Folklorik Tabakalaşma" konulu mastırlar yaptı. 1992 yılında Hacettepe Üniversitesi Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Ana Bilim Dalı'ndan "Şark Meselesi Işığında Şeyh Sait Olayı, Karakteri, Dönemindeki İç ve Dış Olaylar" konulu çalışması ile bilim doktoru ünvanını aldı. 2002 yılında KPSA (Kazakistan)nın Fahri doktoru oldu.

Irak, İran, Suriye, Türkmenistan, Tacikistan Afganistan, Özbekistan, Karakalpakistan, Kırgızistan, Kazakistan, Nahçıvan, Azerbaycan, Gürcistan, Karaçay-Çerkez, Kabartay-Balkar, Dağıstan, Kırım, Çuvaşistan, Tataristan, Başkürdistan,Altay, Hakasya,Yunanistan, Romanya, Makedonya, Sırbistan, Dağıstan, Bulgaristan, Gagauzeli, Kıbrıs, Dağlık Altay gibi Türk Bölgelerinde, Suudi Arabistan'da Almanya, Belçika, Avusturya, Norveç, İsveç, Hollanda bulundu ve buralarda alanında yaptığı çalışmaları sürdürmektedir.

Başbakanlıktan emekli olan Yaşar Kalafat halen ASAM'da Kafkasya Araştırmaları Masası Başkanı ve üyesi olarak çalışmaktadır. İLESAM, Folklor Araştırmaları Kurumu, Dinler Tarihi Derneği üyesidir. Avrasya, Alanız, Stratejik Analiz, Avrasya Dosyası, Jeopolitik Gündem gibi yayınların Yayın Kurulunda görevlidir.